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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g4s | ||||||
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タイトル | THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
![]() | THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / THIAMIN BIOSYNTHESIS / TIM BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peapus, D.H. / Chiu, H.-J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the enzyme-substrate, enzyme-intermediate, and enzyme-product complexes of thiamin phosphate synthase. 著者: Peapus, D.H. / Chiu, H.J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Thiamin Phosphate Synthase from Bacillus subtilis at 1.25A Resolution 著者: Chiu, H.-J. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #2: ![]() タイトル: CHARACTERIZATION OF THE BACILLUS SUBTILIS THIC OPERON INVOLVED IN THIAMINE BIOSYNTHESIS 著者: ZHANG, Y. / TAYLOR, S.V. / CHIU, H.-J. / BEGLEY, T.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 979.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 984.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24158.496 Da / 分子数: 2 / 変異: S130A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH THIAMIN PHOSPHATE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion with micro seeding / pH: 7.5 詳細: 75mM TRIS-HCl, 75 mM MgCl2, 21-22% PEG4000, pH 7.5, Hanging drop vapor diffusion with micro seeding, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Chiu, H.-J., (1999) Biochemistry, 38, 6460. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→42.96 Å / Num. obs: 43410 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 | *PLUS Num. obs: 43894 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 7.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.8 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1G4E 解像度: 1.7→42.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 624933.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.19 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.269 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.229 |