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- PDB-1g3n: STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g3n
タイトルSTRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
  • V-CYCLIN
キーワードcell cycle / signaling protein / Cyclin-dependent kinase / INK4 inhibitor / Viral cyclin
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation ...cyclin D2-CDK6 complex / cyclin D3-CDK6 complex / cyclin D1-CDK6 complex / cell dedifferentiation / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / FBXO family protein binding / lateral ventricle development / negative regulation of myeloid cell differentiation / type B pancreatic cell development / negative regulation of monocyte differentiation / astrocyte development / dentate gyrus development / regulation of cell motility / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / gliogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of cell-matrix adhesion / generation of neurons / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ruffle / Notch signaling pathway / cyclin binding / stem cell proliferation / Oncogene Induced Senescence / regulation of erythrocyte differentiation / G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell growth / response to virus / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / T cell differentiation in thymus / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / protein serine kinase activity / centrosome / DNA damage response / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
K cyclin, C-terminal / K cyclin, C terminal / Cyclin, herpesvirus / : / Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeats (many copies) / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like ...K cyclin, C-terminal / K cyclin, C terminal / Cyclin, herpesvirus / : / Cyclin-dependent kinase 6 / Ankyrin repeats (many copies) / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin-like / Ankyrin repeat-containing domain / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
V-cyclin / Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor C / Cyclin-dependent kinase 6 / Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus cyclin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Tong, L. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of inhibition of CDK-cyclin complexes by INK4 inhibitors.
著者: Jeffrey, P.D. / Tong, L. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2000年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
C: V-CYCLIN
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
F: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
G: V-CYCLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,4626
ポリマ－166,4626
非ポリマー00
水00
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
C: V-CYCLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2313
ポリマ－83,2313
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
F: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
G: V-CYCLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2313
ポリマ－83,2313
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area29470 Å2
手法PISA
3
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
C: V-CYCLIN
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
G: V-CYCLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1634
ポリマ－130,1634
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area44560 Å2
手法PISA
4
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
F: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2734
ポリマ－110,2734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area39050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.780, 146.950, 164.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 / E.C.2.7.1.37 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 6 / PROTEIN KINASE CDK6


分子量: 36987.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: Q00534, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR / P18(INK4C) / CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 2C / P18 / INHIBITS CDK4 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 ...P18(INK4C) / CYCLIN-DEPENDENT KINASE INHIBITOR 2C / P18 / INHIBITS CDK4 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 4 INHIBITOR C / P18-INK4C


分子量: 18149.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P18(INK4C) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42773
#3: タンパク質 V-CYCLIN / K-CYCLIN / FUNCTIONAL CYCLIN D HOMOLOG


分子量: 28094.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: K-CYCLIN (VIRAL CYCLIND HOMOLOG) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O40946, UniProt: Q98147*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: (NH4)2SO4, Dioxane, Tris-HCl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mM1dropNaCl
25 mMdithiothreitol1drop
35 mM1dropMgCl2
40.5 mMATP1drop
525 mMTris-Cl1drop
61.0 mg/mlprotein1drop
738 %satammonium sulfate1reservoir
86 %(v/v)dioxane1reservoir
95 mMdithiothreitol1reservoir
10100 mMTris-Cl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirror, Yale Design / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 40272 / Num. obs: 40272 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 131920
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1905 5 %Random
Rwork0.224 ---
all0.242 35729 --
obs0.228 33824 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10652 0 0 0 10652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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