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- PDB-1g0y: IL-1 RECEPTOR TYPE 1 COMPLEXED WITH ANTAGONIST PEPTIDE AF10847 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g0y
タイトルIL-1 RECEPTOR TYPE 1 COMPLEXED WITH ANTAGONIST PEPTIDE AF10847
要素
  • ANTAGONIST PEPTIDE AF10847
  • INTERLEUKIN-1 RECEPTOR, TYPE I
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1 receptor activity / interleukin-1 binding / smooth muscle adaptation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating ...positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / interleukin-1 receptor activity / interleukin-1 binding / smooth muscle adaptation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / platelet-derived growth factor receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / Interleukin-10 signaling / response to interleukin-1 / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / transmembrane signaling receptor activity / protease binding / regulation of inflammatory response / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vigers, G.P.A. / Dripps, D.J. / Edwards, C.K. / Brandhuber, B.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: X-ray crystal structure of a small antagonist peptide bound to interleukin-1 receptor type 1.
著者: Vigers, G.P. / Dripps, D.J. / Edwards III, C.K. / Brandhuber, B.J.
履歴
登録2000年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR, TYPE I
I: ANTAGONIST PEPTIDE AF10847


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5162
ポリマ－38,5162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.898, 95.898, 208.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 RECEPTOR, TYPE I


分子量: 35909.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): SF9 CELLS / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P14778
#2: タンパク質・ペプチド ANTAGONIST PEPTIDE AF10847


分子量: 2605.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was synthesized by solid-phase synthesis.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
13.3 mg/mlIL-1R11drop
325 %PEG40001reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium acetate1reservoir
2AF108471drop1:2 molar ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 13070 / Num. obs: 11894 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 73.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Num. unique all: 1159 / % possible all: 82.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 125320
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 3→30 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.332 1106 -10% of observed
Rwork0.223 ---
all-11973 --
obs-11171 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2694 0 0 0 2694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0121
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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