ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 |
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精密化 | 解像度: 1.9→29.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 348719.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.241 | 2923 | 9.1 % | random |
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Rwork | 0.192 | - | - | - |
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all | - | 205943 | - | - |
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obs | - | 32040 | 89.1 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 46.6662 Å2 / ksol: 0.339138 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.74 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.73 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.99 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.21 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.37 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3226 | 0 | 0 | 392 | 3618 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.85 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.69 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.2 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it1.74 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.275 | 333 | 10 % |
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Rwork | 0.255 | 2988 | - |
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obs | - | - | 56.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.param | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg25.6 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.85 | | | | |
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