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- PDB-1g0d: CRYSTAL STRUCTURE OF RED SEA BREAM TRANSGLUTAMINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g0d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RED SEA BREAM TRANSGLUTAMINASE
要素PROTEIN-GLUTAMINE GAMMA-GLUTAMYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / tissue transglutaminase / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deamination / histone serotonyltransferase activity / histone dopaminyltransferase activity / peptide noradrenalinyltransferase activity / peptide histaminyltransferase activity / cellular response to serotonin / regulation of apoptotic cell clearance / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase ...protein deamination / histone serotonyltransferase activity / histone dopaminyltransferase activity / peptide noradrenalinyltransferase activity / peptide histaminyltransferase activity / cellular response to serotonin / regulation of apoptotic cell clearance / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / peptide cross-linking / cellular response to dopamine / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / positive regulation of GTPase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / bone development / protein homooligomerization / nervous system development / peptidase activity / regulation of apoptotic process / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / calcium ion binding / chromatin / GTP binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / : / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 2 / Transglutaminase-like / Transglutaminase, N-terminal / Transglutaminase, C-terminal / Transglutaminase, active site / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase, animal / Transglutaminase, C-terminal domain superfamily / : / Transglutaminase family / Transglutaminase family, C-terminal ig like domain / Transglutaminases active site. / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Transglutaminase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pagrus major (マダイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Noguchi, K. / Ishikawa, K. / Yokoyama, K. / Ohtsuka, T. / Nio, N. / Suzuki, E.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of red sea bream transglutaminase.
著者: Noguchi, K. / Ishikawa, K. / Yokoyama, K.i. / Ohtsuka, T. / Nio, N. / Suzuki, E.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Overproduction of DnaJ in Escherichia coli Improves in Vivo Solubility of the Recombinant Fish-derived Transglutaminase
著者: Yokoyama, K. / Kikuchi, Y. / Yasueda, H.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Tissue-type transglutaminase from red sea bream (Pagrus major)
著者: Yasueda, H. / Nakanishi, K. / Kumazawa, Y. / Nagase, K. / Motoki, M. / Matsui, H.
履歴
登録2000年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN-GLUTAMINE GAMMA-GLUTAMYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4172
ポリマ－78,3211
非ポリマー961
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.800, 97.800, 455.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN-GLUTAMINE GAMMA-GLUTAMYLTRANSFERASE


分子量: 78320.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pagrus major (マダイ) / 組織: LIVER / プラスミド: PTTNCO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P52181, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium sulfate, PEG6000, Hepes, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.8 Mammonium sulfate1reservoir
21 %PEG60001reservoir
30.1 MHEPES1reservoir
45 mMdithiothreitol1reservoir
514 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 45422 / Num. obs: 39366 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.62 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / % possible all: 61.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR98.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3936 -RANDOM
Rwork0.2 ---
all-39366 --
obs-39366 86 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5283 0 5 383 5671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.525
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.033
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 98.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 37856 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.454
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.525
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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