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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g08 | ||||||
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タイトル | CARBONMONOXY LIGANDED BOVINE HEMOGLOBIN PH 5.0 | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / bovine / hemoglobin / liganded / carbonmonoxy / protoporphyrin IX / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding ...Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interface sliding as illustrated by the multiple quaternary structures of liganded hemoglobin. 著者: Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 687.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 702.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from the heterodimer of chain A (alpha) and chain B (beta) and the heterodimer of chain C (alpha) and chain D (beta) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15077.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15977.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: バッチ法 / pH: 5 詳細: sodium cacodylate, sodium dithionite, polyethylene glycol 3350, pH 5.0, Batch, temperature 296K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→31.69 Å / Num. all: 47248 / Num. obs: 45723 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.45 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Num. unique all: 9280 / % possible all: 85.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 334873 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.2 Å2 |