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万見
- PDB-1fyv: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fyv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR1
要素TOLL-LIKE RECEPTOR 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-alpha-beta fold parallel beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / lipopeptide binding / Toll-like receptor 2 binding / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand ...Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / lipopeptide binding / Toll-like receptor 2 binding / macrophage activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / microglial cell activation / positive regulation of interleukin-6 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / ER-Phagosome pathway / receptor complex / immune response / inflammatory response / membrane raft / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / signal transduction / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xu, Y. / Tao, X. / Shen, B. / Horng, T. / Medzhitov, R. / Manley, J.L. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structural basis for signal transduction by the Toll/interleukin-1 receptor domains.
著者: Xu, Y. / Tao, X. / Shen, B. / Horng, T. / Medzhitov, R. / Manley, J.L. / Tong, L.
履歴
登録2000年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOLL-LIKE RECEPTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0821
ポリマ－19,0821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.3, 101.3, 137.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 TOLL-LIKE RECEPTOR 1


分子量: 19081.670 Da / 分子数: 1 / 断片: TIR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15399
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 1.2M NaH2PO4/K2HPO4 5 mM DTT, 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMTris1reservoir
21.2 Msodium potassium phosphate1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
420 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X4A10.98
シンクロトロンCHESS A120.909
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年11月12日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.9091
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 9700 / Num. obs: 9374 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MADSYS位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 600 7.5%
Rwork0.254 --
all0.26 9700 -
obs0.254 8496 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1342 0 0 0 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 7.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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