PDB-1fyo: EUKARYOTIC DECODING REGION A-SITE RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fyo

タイトル

EUKARYOTIC DECODING REGION A-SITE RNA

要素

FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA

キーワード

RNA / stem-internal loop-stem-tetraloop RNA / G-A base pair / bulged A

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Lynch, S.R. / Puglisi, J.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of a eukaryotic decoding region A-site RNA.
著者: Lynch, S.R. / Puglisi, J.D.

履歴

登録	2000年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fyo.cif.gz	411.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fyo.ent.gz	350.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1a3m 1fyp 1pbr
類似構造データ	2qh2-d 1uab-d 28sr-d 1ebr-d 1q93-2 2kal-d 1q96-1 2ktm-d 3lyw-d 1jve-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA

8.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #12

#1: RNA鎖	FRAGMENT OF 18S RIBOSOMAL RNA 分子量: 8672.185 Da / 分子数: 1 断片: 18S RNA - NUCLEOTIDES 1404-1412, 1488-1497 (E. COLI NUMBERS) 変異: U1410A, A1490U / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Tetrahymena thermophila

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	4D 13C-separated NOESY
1	5	1	DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM decoding site RNA, 13C/15N, 10 mM phosphate pH 6.3, 90% H20/10% D20, 100% D20 溶媒系: 90% H2O/10% D20; 100% D2O
試料状態	イオン強度: 10 mM / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.83	Brunger	精密化
X-PLOR	3.83	Brunger	構造決定
VNMR	6.1		解析
Felix	6.1		解析

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 682 NOEs, 129 dihedral constraints, 36 Hydrogen bonds

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

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