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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fym | ||||||
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タイトル | SERENDIPITOUS CRYSTAL STRUCTURE CONTAINING THE HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTOR'S DNA BINDING DOMAIN AND COGNATE DNA IN A TAIL-TO-TAIL ORIENTATION | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / crystal-packing interface / crystallization / protein-DNA interface / protein-protein interface / static disorder / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-DNA complex / cellular response to heat / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Littlefield, O. / Nelson, H.C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal packing interaction that blocks crystallization of a site-specific DNA binding protein-DNA complex. 著者: Littlefield, O. / Nelson, H.C. #1: ![]() タイトル: A New Use for the 'Wing' of the 'Winged' Helix-Turn-Helix Motif in the HSF-DNA Cocrystal 著者: Littlefield, O. / Nelson, H.C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | protein and DNA are not interacting in a physiologically relevant manner |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence is based on an idealized HSE sequence. #2: タンパク質 | 分子量: 10950.279 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / Mutation: N282R, F283H, K284A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 4000, Isopropanol, Cacodylate, Ammonium Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 10644 / Num. obs: 10644 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / % possible all: 72.7 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The structure was originally refined by mistake with a glutamate at position 273. The deposited coordinates have been adjusted to contain aspartate at position 273, with the OD1 and OD2 atoms ...詳細: The structure was originally refined by mistake with a glutamate at position 273. The deposited coordinates have been adjusted to contain aspartate at position 273, with the OD1 and OD2 atoms having an arbitrary B-factor of 20.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.372 / Num. reflection Rfree: 77 / Num. reflection Rwork: 733 / Rfactor obs: 0.29 |