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万見
- PDB-1fym: SERENDIPITOUS CRYSTAL STRUCTURE CONTAINING THE HEAT SHOCK TRANSCR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fym
タイトルSERENDIPITOUS CRYSTAL STRUCTURE CONTAINING THE HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTOR'S DNA BINDING DOMAIN AND COGNATE DNA IN A TAIL-TO-TAIL ORIENTATION
要素
  • HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN
  • TAIL-TO-TAIL HSE
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / crystal-packing interface / crystallization / protein-DNA interface / protein-protein interface / static disorder / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
HSF-type DNA-binding domain signature. / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / HSF-type DNA-binding / heat shock factor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heat shock transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Littlefield, O. / Nelson, H.C.M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Crystal packing interaction that blocks crystallization of a site-specific DNA binding protein-DNA complex.
著者: Littlefield, O. / Nelson, H.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A New Use for the 'Wing' of the 'Winged' Helix-Turn-Helix Motif in the HSF-DNA Cocrystal
著者: Littlefield, O. / Nelson, H.C.M.
履歴
登録2000年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: TAIL-TO-TAIL HSE
D: TAIL-TO-TAIL HSE
A: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN
B: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2254
ポリマ－29,2254
非ポリマー00
水1,65792
1
C: TAIL-TO-TAIL HSE

C: TAIL-TO-TAIL HSE

A: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN

A: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2254
ポリマ－29,2254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1,-z1
2
D: TAIL-TO-TAIL HSE

D: TAIL-TO-TAIL HSE

B: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN

B: HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2254
ポリマ－29,2254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+12
crystal symmetry operation2_546-x,y-1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)106.510, 34.020, 78.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細protein and DNA are not interacting in a physiologically relevant manner

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要素

#1: DNA鎖 TAIL-TO-TAIL HSE


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is based on an idealized HSE sequence.
#2: タンパク質 HEAT SHOCK TRANSCRIPTION PROTEIN / HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTOR


分子量: 10950.279 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / Mutation: N282R, F283H, K284A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / プラスミド: PHN280R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22121
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, Isopropanol, Cacodylate, Ammonium Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Isopropanol11
3Cacodylate11
4Ammonium Acetate11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG40001reservoir
210 %isopropanol1reservoir
350 mMcacodylate1reservoir
4200 mMammonium acetate1reservoir
50.91 mMprotein1drop
60.69 mMDNA1drop
710 mMTris1drop
850 mM1dropNaCl
9400 mMammonium acetate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.02
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 10644 / Num. obs: 10644 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / % possible all: 72.7
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was originally refined by mistake with a glutamate at position 273. The deposited coordinates have been adjusted to contain aspartate at position 273, with the OD1 and OD2 atoms ...詳細: The structure was originally refined by mistake with a glutamate at position 273. The deposited coordinates have been adjusted to contain aspartate at position 273, with the OD1 and OD2 atoms having an arbitrary B-factor of 20.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.295 1049 RANDOM
Rwork0.211 --
all-10642 -
obs-10642 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 486 0 92 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.388
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / Rfactor Rfree: 0.372 / Num. reflection Rfree: 77 / Num. reflection Rwork: 733 / Rfactor obs: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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