PDB-1fyb: SOLUTION STRUCTURE OF C1-T1, A TWO-DOMAIN PROTEINASE INHIBITOR DE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fyb

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF C1-T1, A TWO-DOMAIN PROTEINASE INHIBITOR DERIVED FROM THE CIRCULAR PRECURSOR PROTEIN NA-PROPI FROM NICOTIANA ALATA

要素

PROTEINASE INHIBITOR

キーワード

Hydrolase Inhibitor / two-domain protein

機能・相同性

Proteinase inhibitor I20 / : / Potato type II proteinase inhibitor family / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Proteinase inhibitor

機能・相同性情報

生物種

Nicotiana alata (ヤバネタバコ)

手法

溶液NMR / simulated annealing with torsion angle dynamics

データ登録者

Craik, D.J. / Schirra, H.J. / Scanlon, M.J. / Anderson, M.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The solution structure of C1-T1, a two-domain proteinase inhibitor derived from a circular precursor protein from Nicotiana alata.
著者: Schirra, H.J. / Scanlon, M.J. / Lee, M.C. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.

履歴

登録	2000年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fyb.cif.gz	629.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fyb.ent.gz	529.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/1fyb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2luy-d 1tcf-d 2tn4-d 3nmr-d 1n5z-d 2ka9-d 1la0-d 5wh1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEINASE INHIBITOR

12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #4	best secondary structure

#1: タンパク質	PROTEINASE INHIBITOR / NA-PROPI 分子量: 12099.669 Da / 分子数: 1 断片: DOMAINS 1 AND 2 (C1 AND T1) FROM THE SIX-DOMAIN PRECURSOR PROTEIN NA-PROPI 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana alata (ヤバネタバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q40378
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY
3	3	3	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 3D heteronuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM C1-T1, unlabeled	90% H2O/10% D2O
2	1mM C1-T1, unlabeled	99% D2O
3	1mM C1-T1, U-15N,13C	90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	5.8	1 atm	313 K
2	5.8	1 atm	313 K
3	5.8	1 atm	313 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
XEASY	1.3.7	Bartels, Xia, Billeter, Guentert, Wuethrich	データ解析
DYANA	1.5	Guentert	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing with torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1193 constraints, 1039 are NOE-derived distance constraints, 82 dihedral angle restraints, and 72 hydrogen bond distance constraints

代表構造

選択基準: best secondary structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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