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- PDB-3nmr: Crystal Structure of CUGBP1 RRM1/2-RNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmr
タイトルCrystal Structure of CUGBP1 RRM1/2-RNA Complex
要素
  • CUGBP Elav-like family member 1
  • RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RRM / pre-mRNA splicing / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing ...BRE binding / perinucleolar compartment / post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing / germ cell development / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / regulation of inflammatory response / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...CELF1/2, RNA recognition motif 2 / CELF1/2, RNA recognition motif 3 / CELF1/2, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CUGBP Elav-like family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H. / Teplov, A. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural Insights into RNA Recognition by the Alternate-Splicing Regulator CUG-Binding Protein 1.
著者: Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H.Y. / Teplov, A. / Patel, D.J.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CUGBP Elav-like family member 1
B: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9732
ポリマ－23,9732
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.548, 70.012, 132.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

HOH

21B-12-

HOH

31B-28-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CUGBP Elav-like family member 1 / CELF-1 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / ...CELF-1 / CUG-BP- and ETR-3-like factor 1 / Bruno-like protein 2 / RNA-binding protein BRUNOL-2 / CUG triplet repeat RNA-binding protein 1 / CUG-BP1 / Deadenylation factor CUG-BP / 50 kDa nuclear polyadenylated RNA-binding protein / Embryo deadenylation element-binding protein homolog / EDEN-BP homolog


分子量: 20226.777 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM1-RRM2 domain (UNP Residues 14-187) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRUNOL2, CELF1, CUGBP, CUGBP1, NAB50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q92879
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3746.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 45% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97930, 0.97890, 0.96360
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97891
30.96361
反射解像度: 1.85→66.082 Å / Num. all: 36250 / Num. obs: 18231 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 36.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.48 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24451 986 5.1 %RANDOM
Rwork0.20362 ---
all0.20562 18231 --
obs0.20562 18187 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 107 0 96 1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2572.0442066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12133079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2565174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78723.84665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.07815260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1081511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.5872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3221.5354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71921406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.663648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1024.5660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.29932833
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.7153101
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.04632797
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 58 -
Rwork0.241 1306 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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