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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nmr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CUGBP1 RRM1/2-RNA Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RRM / pre-mRNA splicing / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 BRE binding / perinucleolar compartment / RNA干渉 / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing ...BRE binding / perinucleolar compartment / RNA干渉 / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA splice site recognition / pre-mRNA binding / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA destabilization / regulation of RNA splicing / germ cell development / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / regulation of inflammatory response / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / positive regulation of gene expression / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Structural Insights into RNA Recognition by the Alternate-Splicing Regulator CUG-Binding Protein 1. 著者: Teplova, M. / Song, J. / Gaw, H.Y. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nmr.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nmr.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nmr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/3nmr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20226.777 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM1-RRM2 domain (UNP Residues 14-187) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRUNOL2, CELF1, CUGBP, CUGBP1, NAB50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q92879 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3746.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 45% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97930, 0.97890, 0.96360 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→66.082 Å / Num. all: 36250 / Num. obs: 18231 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 36.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.48 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.604 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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