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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fxu | ||||||
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タイトル | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH N(7)-ACYCLOGUANOSINE INHIBITOR AND A PHOSPHATE ION | ||||||
要素 | PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Luic, M. / Bzowska, A. / Shugar, D. / Saenger, W. / Koellner, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Calf spleen purine nucleoside phosphorylase: structure of its ternary complex with an N(7)-acycloguanosine inhibitor and a phosphate anion. 著者: Luic, M. / Koellner, G. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystals structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a complex with hypoxanthine at 2.15 A resolution 著者: Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fxu.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fxu.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fxu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fxu_validation.pdf.gz | 726.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fxu_full_validation.pdf.gz | 734.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fxu_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fxu_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32064.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: SPLEEN / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase |
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-非ポリマー , 5種, 117分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-GU7 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.04M Tris/HCl buffer, PEG 4000, 11-16%, 0.08M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 4 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→22.2 Å / Num. all: 12786 / Num. obs: 12786 / Observed criterion σ(F): 2893461.04 / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 89 % / Num. measured all: 38538 / Rmerge(I) obs: 0.097 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 87.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→22.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2893461.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.19 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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