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万見
- PDB-1fxu: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fxu
タイトルPURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE FROM CALF SPLEEN IN COMPLEX WITH N(7)-ACYCLOGUANOSINE INHIBITOR AND A PHOSPHATE ION
要素PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GU7 / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Luic, M. / Bzowska, A. / Shugar, D. / Saenger, W. / Koellner, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Calf spleen purine nucleoside phosphorylase: structure of its ternary complex with an N(7)-acycloguanosine inhibitor and a phosphate anion.
著者: Luic, M. / Koellner, G. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystals structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a complex with hypoxanthine at 2.15 A resolution
著者: Koellner, G. / Luic, M. / Shugar, D. / Saenger, W. / Bzowska, A.
履歴
登録2000年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5175
ポリマ－32,0641
非ポリマー4534
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,55215
ポリマ－96,1933
非ポリマー1,35912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
Buried area9650 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子

A: PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,55215
ポリマ－96,1933
非ポリマー1,35912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area4430 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.110, 94.110, 94.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

ZN

21A-364-

HOH

31A-371-

HOH

41A-372-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE


分子量: 32064.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: SPLEEN / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GU7 / 2-AMINO-7-[2-(2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-ETHYL]-1,7-DIHYDRO-PURIN-6-ONE / 7-[2-[[1-(ヒドロキシメチル)-2-ヒドロキシエチル]アミノ]エチル]グアニン


分子量: 268.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04M Tris/HCl buffer, PEG 4000, 11-16%, 0.08M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
pH: 6.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-12 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium citrate1drop
31 mMbeta-mercaptoethanol1drop
511-16 %(v/v)PEG40001reservoir
60.04 MTris-HCl1reservoir
70.08 M1reservoirMgCl2
4reservoir solution1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.908
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22.2 Å / Num. all: 12786 / Num. obs: 12786 / Observed criterion σ(F): 2893461.04 / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2
反射
*PLUS
% possible obs: 89 % / Num. measured all: 38538 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 87.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.2→22.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2893461.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1320 10.3 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 12786 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.19 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 26 113 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 219 10.6 %
Rwork0.214 1850 -
obs--87.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE2.PARAMPROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GU7.PARGU7.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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