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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fxf | ||||||
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タイトル | CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE COMPLEX (DIMERIC PLA2 + MJ33 INHIBITOR + PHOSPHATE IONS) | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2, MAJOR ISOENZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ENZYME / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE / DIMER / PHOSPHATE BINDING / INHIBITOR BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding ...positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Pan, Y.H. / Epstein, T.M. / Jain, M.K. / Bahnson, B.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Five coplanar anion binding sites on one face of phospholipase A2: relationship to interface binding. 著者: Pan, Y.H. / Epstein, T.M. / Jain, M.K. / Bahnson, B.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fxf.cif.gz | 64.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fxf.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fxf_validation.pdf.gz | 941.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fxf_full_validation.pdf.gz | 950.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fxf_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fxf_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/1fxf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14009.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00592, phospholipase A2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MJI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 25% PEG3500, 0.2 M SODIUM PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 215840 / Num. obs: 25141 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Num. unique all: 2503 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 215840 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: MEROHEDRAL TWINNING REFINEMENT USING SHELXL-97. X-PLOR 3.1 was also used during refinement.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.161 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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