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- PDB-1fwe: KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT WITH ACETOHYDROXAMIC A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwe
タイトルKLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT WITH ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) BOUND
要素(UREASE) x 3
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE(UREA AMIDO) / MUTANT / INHIBITOR-BOUND / NICKEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOHYDROXAMIC ACID / NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pearson, M.A. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of Cys319 variants and acetohydroxamate-inhibited Klebsiella aerogenes urease.
著者: Pearson, M.A. / Michel, L.O. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structures of the Klebsiella Aerogenes Urease Apoenzyme and Two Active-Site Mutants
著者: Jabri, E. / Karplus, P.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of the Active Site Cysteine in Klebsiella Aerogenes Urease
著者: Martin, P.R. / Hausinger, R.P.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Identification of the Essential Cysteine Residue in Klebsiella Aerogenes Urease
著者: Todd, M.J. / Hausinger, R.P.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Competitive Inhibitors of Klebsiella Aerogenes Urease. Mechanisms of Interaction with the Nickel Active Site
著者: Todd, M.J. / Hausinger, R.P.
履歴
登録1997年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3836
ポリマ－83,1903
非ポリマー1923
水4,990277
1
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,14918
ポリマ－249,5719
非ポリマー5779
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area47190 Å2
ΔGint-302 kcal/mol
Surface area55720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.800, 170.800, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR BOUND
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18316, urease
#2: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR BOUND
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 60377.289 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITOR BOUND
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18314, urease

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非ポリマー , 3種, 280分子

#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-HAE / ACETOHYDROXAMIC ACID / アセトヒドロキサム酸


分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT WITH THE COMPETITIVE INHIBITOR ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) ...THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT WITH THE COMPETITIVE INHIBITOR ACETOHYDROXAMIC ACID (AHA) BOUND. THREE NONIDENTICAL CHAINS, GAMMA (A), BETA (B), AND ALPHA (C) FORM ONE (ABC)-UNIT. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE (ABC)-UNIT. RESIDUES 318 - 331 OF THE MOBILE ACTIVE SITE FLAP IN CHAIN C BECOME SUFFICIENTLY DISORDERED THAT THEY ARE NOT MODELED. THE AHA MOLECULE INTERACTS WITH BOTH NICKELS IN THE ACTIVE SITE, AS WELL AS ACCEPTING A HYDROGEN BOND FROM HIS 219, A RESIDUE IMPLICATED IN SUBSTRATE-BINDING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlurease1drop
210 mMTris1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
50.75-0.85 M1dropLi2SO4
650 mMHEPES1drop
71.5-1.7 M1reservoirLi2SO4
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 52075 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 67 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.204 --
obs0.204 50863 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5683 0 7 277 5967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.514
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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