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万見
- PDB-1fw2: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fw2
タイトルOUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A FROM ESCHERICHIA COLI
要素OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A
キーワードhydrolase / membrane protein / ANTI-PARALLEL BETA BARREL DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 / phospholipase activity / phospholipase A1 activity / phospholipase A2 activity / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / lipid catabolic process / cell outer membrane / calcium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A1 / Phospholipase A1 / Phospholipase A1 superfamily / Phospholipase A1 / Outer membrane phospholipase (ompla); Chain C / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Snijder, H.J. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural investigations of calcium binding and its role in activity and activation of outer membrane phospholipase A from Escherichia coli.
著者: Snijder, H.J. / Kingma, R.L. / Kalk, K.H. / Dekker, N. / Egmond, M.R. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural Evidence for Dimerization-Regulated Activation of an Integral Membrane Phospholipase
著者: Snijder, H.J. / Ubarretxena-Belandia, I. / Blaauw, M. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Egmond, M.R. / Dekker, N. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Outer Membrane Phospholipase a from Escherichia Coli
著者: Blaauw, M. / Dekker, N. / Kalk, K.H. / Verheij, H.M. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2000
タイトル: Bacterial phospholipase A: structure and function of an integral membrane phospholipase
著者: Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2000年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5772
ポリマ－31,5371
非ポリマー401
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.532, 77.532, 100.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PHOSPHOLIPASE A / E.C.3.1.1.32 / OMPLA / DETERGENT-RESISTANT PHOSPHOLIPASE A / DR-PHOSPHOLIPASE A / PHOSPHATIDYLCHOLINE 1-ACYLHYDROLASE


分子量: 31536.875 Da / 分子数: 1 / 断片: OMPLA WITH N-TERMINAL EXTENSION / 変異: ARIRAP EXTENSION / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENTLY SULFONYLATED ON SERINE144 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A921, phospholipase A1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: MPD, calcium chloride, Bis-Tris, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 詳細: Blaauw, M., (1995) FEBS Lett., 373, 10.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
124-28 %(v/v)MPD1reservoir
2100 mMBis-Tris1reservoir
31 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 9975 / Num. obs: 9975 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.084 / % possible all: 62.3
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 47201
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.3 % / Mean I/σ(I) obs: 10.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: anisotropic scaling and bulk solvent correction applied
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 947 9.5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.222 9975 --
obs-9959 89.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20.77 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2094 0 1 50 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.23
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 57 8.1 %
Rwork0.336 645 -
obs--64.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.23
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.385 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor Rwork: 0.336 / Rfactor obs: 0.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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