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- PDB-1fvv: THE STRUCTURE OF CDK2/CYCLIN A IN COMPLEX WITH AN OXINDOLE INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fvv
タイトルTHE STRUCTURE OF CDK2/CYCLIN A IN COMPLEX WITH AN OXINDOLE INHIBITOR
要素
  • CYCLIN A
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
キーワードTRANSFERASE / CELL CYCLE / cyclin-dependent kinase / cyclin A
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cyclin A2-CDK1 complex / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cell cycle G1/S phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine ...: / cyclin A2-CDK1 complex / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cell cycle G1/S phase transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / male pronucleus / female pronucleus / response to glucagon / cellular response to cocaine / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cochlea development / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / cellular response to estradiol stimulus / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / positive regulation of fibroblast proliferation / G2/M transition of mitotic cell cycle / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / peptidyl-serine phosphorylation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / endosome / Ub-specific processing proteases / protein phosphorylation / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like ...Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-107 / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Davis, S.T. / Benson, B.G. / Bramson, H.N. / Chapman, D.E. / Dickerson, S.H. / Dold, K.M. / Eberwein, D.J. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr., R.T. ...Davis, S.T. / Benson, B.G. / Bramson, H.N. / Chapman, D.E. / Dickerson, S.H. / Dold, K.M. / Eberwein, D.J. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr., R.T. / Griffin, R.J. / Harris, P.A. / Hassell, A.M. / Holmes, W.D. / Hunter, R.N. / Knick, V.B. / Lackey, K. / Lovejoy, B. / Luzzio, M.J. / Murray, D. / Parker, P. / Rocque, W.J. / Shewchuk, L. / Veal, J.M. / Walker, D.H. / Kuyper, L.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Prevention of chemotherapy-induced alopecia in rats by CDK inhibitors.
著者: Davis, S.T. / Benson, B.G. / Bramson, H.N. / Chapman, D.E. / Dickerson, S.H. / Dold, K.M. / Eberwein, D.J. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr, R.T. / Griffin, R.J. / Harris, P.A. / ...著者: Davis, S.T. / Benson, B.G. / Bramson, H.N. / Chapman, D.E. / Dickerson, S.H. / Dold, K.M. / Eberwein, D.J. / Edelstein, M. / Frye, S.V. / Gampe Jr, R.T. / Griffin, R.J. / Harris, P.A. / Hassell, A.M. / Holmes, W.D. / Hunter, R.N. / Knick, V.B. / Lackey, K. / Lovejoy, B. / Luzzio, M.J. / Murray, D. / Parker, P. / Rocque, W.J. / Shewchuk, L. / Veal, J.M. / Walker, D.H. / Kuyper, L.F.
履歴
登録2000年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
B: CYCLIN A
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
D: CYCLIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5876
ポリマ－127,6884
非ポリマー8992
水2,324129
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
B: CYCLIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2943
ポリマ－63,8442
非ポリマー4501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
2
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
D: CYCLIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2943
ポリマ－63,8442
非ポリマー4501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.952, 184.952, 212.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 / E.C.2.7.1.37 / CDK2 / P33 PROTEIN KINASE


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC1 OR PACHLT-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質 CYCLIN A / CYCLIN A2


分子量: 29867.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: 化合物 ChemComp-107 / 4-[(7-OXO-7H-THIAZOLO[5,4-E]INDOL-8-YLMETHYL)-AMINO]-N-PYRIDIN-2-YL-BENZENESULFONAMIDE / 8-[4-(2-ピリジルスルファモイル)アニリノメチル]-7H-1-チア-3,6-ジアザ-as-インダセン-7-オン


分子量: 449.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15N5O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.5 M sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 詳細: Shewchuk L., (2000) J. Med. Chem., 43, 133.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
31 mMEDTA1drop
410 %PEG33401reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 50936 / Num. obs: 50936 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 91.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique all: 7029 / % possible all: 90.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 541713 / Rmerge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 5137 10 %random
Rwork0.26 ---
all0.21 50936 --
obs0.21 50936 95.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8960 0 62 129 9151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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