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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fvg | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE | ||||||
![]() | PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of peptide methionine sulfoxide reductase, an "anti-oxidation" enzyme. 著者: Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Thiol-disulfide exchange is Involved in the Catalytic Mechanism of Peptide Methionine Sulfoxide Reductase 著者: Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Honek, J.F. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22385.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DITHIOTHREITOL COMPLEX / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DTT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: dithiothreitol, PEG 8000, citrate, Na2HPO4, dimethyl sulfoxide, NaCl, pH 4.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月21日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→53.5 Å / Num. all: 86018 / Num. obs: 23472 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 8 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 37.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / % possible all: 93.9 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 86018 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The structure factors represent the "optimized" reference structure factors (Fpsha) from a three wavelength MAD experiment analyzed by SHARP.
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溶媒の処理 | Bsol: 141.2 Å2 / ksol: 0.802 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→53.58 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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