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万見
- PDB-1fv5: SOLUTION STRUCTURE OF THE FIRST ZINC FINGER FROM THE DROSOPHILA U... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fv5
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE FIRST ZINC FINGER FROM THE DROSOPHILA U-SHAPED TRANSCRIPTION FACTOR
要素FIRST ZINC FINGER OF U-SHAPED
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC FINGER / CCHC / PROTEIN INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


lymph gland plasmatocyte differentiation / lymph gland crystal cell differentiation / negative regulation of hemocyte differentiation / amnioserosa maintenance / positive regulation of antibacterial peptide biosynthetic process / germ-band shortening / lymph gland development / larval lymph gland hemopoiesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / compound eye development ...lymph gland plasmatocyte differentiation / lymph gland crystal cell differentiation / negative regulation of hemocyte differentiation / amnioserosa maintenance / positive regulation of antibacterial peptide biosynthetic process / germ-band shortening / lymph gland development / larval lymph gland hemopoiesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / compound eye development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / chaeta development / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / heart development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Zinc-finger of C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein ush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing cartesian dynamics
データ登録者Liew, C.K. / Kowalski, K. / Fox, A.H. / Newton, A. / Sharpe, B.K. / Crossley, M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Solution structures of two CCHC zinc fingers from the FOG family protein U-shaped that mediate protein-protein interactions.
著者: Liew, C.K. / Kowalski, K. / Fox, A.H. / Newton, A. / Sharpe, B.K. / Crossley, M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2000年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIRST ZINC FINGER OF U-SHAPED
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0272
ポリマ－3,9621
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FIRST ZINC FINGER OF U-SHAPED


分子量: 3961.636 Da / 分子数: 1 / 断片: FIRST ZINC FINGER DOMAIN (RESIDUES 202-235) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VPQ6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
122HNHA
132HNHB
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using 2D homonuclear and heteronuclear techniques on unlabelled and 15N-labelled peptide.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7mM U-shaped first finger; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7mM U-shaped first finger 15N-labelled; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Guenthercollection
XEASY1.2Bartels, Xia, Billeter, Guntert, Wuthrichデータ解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
CNS1Warren, Nilges, Kuszewski, Clore, Brunger精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 356 restraints, 324 are NOE-derived distance constraints and 32 are dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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