PDB-1fuw: SOLUTION STRUCTURE AND BACKBONE DYNAMICS OF A DOUBLE MUTANT SINGL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fuw

タイトル

SOLUTION STRUCTURE AND BACKBONE DYNAMICS OF A DOUBLE MUTANT SINGLE-CHAIN MONELLIN(SCM) DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY

要素

MONELLIN

モネリン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

beta-sheet (Βシート) /

alpha-helix (Αヘリックス) / loop

機能・相同性

機能・相同性情報

Monellin, A chain /

Monellin, A chain superfamily /

Monellin, B chain /

モネリン /

モネリン / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

溶液NMR

Model type details

minimized average

データ登録者

Sung, Y.H. / Shin, J. / Jung, J. / Lee, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Solution structure, backbone dynamics, and stability of a double mutant single-chain monellin. structural origin of sweetness.
著者: Sung, Y.H. / Shin, J. / Chang, H.J. / Cho, J.M. / Lee, W.

履歴

登録	2000年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fuw.cif.gz	629.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fuw.ent.gz	528 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fuw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fuw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mnl 1mol
類似構造データ	3ekc-d 5ev9-d 5n49-1 1lds-d 5o5h-d 3na4-d 5lpk-3 5cs7-d 3zpv-16 6hqc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: MONELLIN

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	MONELLIN / モネリン分子量: 10778.295 Da / 分子数: 1 / 変異: D7E, R39K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHAINS B AND A IN A SINGLE CHAIN / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / プラスミド: PET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881

#1: タンパク質

MONELLIN /

モネリン

分子量: 10778.295 Da / 分子数: 1 / 変異: D7E, R39K / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHAINS B AND A IN A SINGLE CHAIN / 由来: (組換発現)

Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / プラスミド: PET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	2	HNHA
4	5	4	HSQC(exchange)
3	6	3	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM monellin ;50mM photassium phosphate buffer ;90% H20,10% D2O	90% H20,10% D2O
2	2mM monellin 15N ;50mM photassium phosphate buffer ;90% H2O , 10% D2O	90% H20,10% D2O
3	2mM monellin ;50mM photassium phosphate buffer ;100% D2O	100% D2O
4	2mM monellin 15N ;50mM photassium phosphate buffer ;100% D2O	100% D2O

試料状態

pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: その他 / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

代表構造	選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)