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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fug | ||||||
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タイトル | S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE | ||||||
要素 | S-ADENOSYLMETHIONINE SYNTHETASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ONE-CARBON METABOLISM / ATP-BINDING / MULTIGENE FAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / potassium ion binding / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, Z. / Markham, G.D. / Takusagawa, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1996 タイトル: Flexible loop in the structure of S-adenosylmethionine synthetase crystallized in the tetragonal modification. 著者: Fu, Z. / Hu, Y. / Markham, G.D. / Takusagawa, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fug.cif.gz | 179.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fug.ent.gz | 145.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fug_validation.pdf.gz | 379.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fug_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fug_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fug_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41867.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TETRAGONAL MODIFICATION / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A817, methionine adenosyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE DIP100 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→8 Å / Num. obs: 18581 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 85 |
反射 | *PLUS Num. all: 20096 / Num. measured all: 52893 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→8 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 25 |