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万見
- PDB-1ftr: FORMYLMETHANOFURAN:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ftr
タイトルFORMYLMETHANOFURAN:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE FROM METHANOPYRUS KANDLERI
要素FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE
キーワードFORMYLTRANSFERASE / METHANOGENESIS / ARCHAE / ACYLTRANSFERASE / HYPERTHERMOPHILIC / HALOPHILIC
機能・相同性
機能・相同性情報


formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase / formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #520 / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, C-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, N-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, ferredoxin-like superfamily / Formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin formyltransferase / FTR, proximal lobe / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ermler, U. / Merckel, M.C. / Thauer, R.K. / Shima, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase from Methanopyrus kandleri - new insights into salt-dependence and thermostability.
著者: Ermler, U. / Merckel, M. / Thauer, R. / Shima, S.
履歴
登録1997年9月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE
B: FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE
C: FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE
D: FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7464
ポリマ－126,7464
非ポリマー00
水12,719706
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16240 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area38400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.500, 157.500, 242.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.2364, 0.0086, 0.9716), (0.0038, -1, 0.008), (0.9716, 0.0018, -0.2365)5.0198, 155.0376, -7.4627
2given(-1, 0.0027, 0.0001), (0.0027, 1, -0.0086), (-0.0001, -0.0086, -1)78.7205, 0.0918, 50.8724
3given(-0.2373, 0.0007, -0.9714), (-0.0053, -1, 0.0006), (-0.9714, 0.0053, 0.2373)73.1203, 155.576, 57.0284

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要素

#1: タンパク質
FORMYLMETHANOFURAN\:TETRAHYDROMETHANOPTERIN FORMYLTRANSFERASE / FTR


分子量: 31686.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: FTR / プラスミド: PFTR1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q49610, formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: 22% PEG 8000 0.3M (NH4)2SO4 0.1M MOPS (PH 7.0) 4 DEG C, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Shima, S., (1996) Proteins Struct.Funct.Genet., 26, 118.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMMOPS1drop
22 mMdithiothreitol1drop
312-16 mg/mlenzyme1drop
422 %PEG80001reservoir
50.3 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MMOPS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 135354 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.73→1.87 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
SHELXS位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATAデータスケーリング
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 13520 10 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 135354 87.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 0 706 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.48
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.656
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.488
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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