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- PDB-1fsb: STRUCTURE OF THE EGF DOMAIN OF P-SELECTIN, NMR, 19 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fsb
タイトルSTRUCTURE OF THE EGF DOMAIN OF P-SELECTIN, NMR, 19 STRUCTURES
要素P-SELECTIN
キーワードCELL ADHESION PROTEIN / EGF-LIKE DOMAIN / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of integrin activation / fucose binding / glycosphingolipid binding / platelet dense granule membrane / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / platelet alpha granule membrane / leukocyte tethering or rolling ...regulation of integrin activation / fucose binding / glycosphingolipid binding / platelet dense granule membrane / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / platelet alpha granule membrane / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of platelet activation / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / response to cytokine / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / cell-cell adhesion / calcium-dependent protein binding / integrin binding / Platelet degranulation / heparin binding / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / calcium ion binding / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / Laminin / Laminin / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Freedman, S.J. / Sanford, D.G. / Bachovchin, W.W. / Furie, B.C. / Baleja, J.D. / Furie, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure and function of the epidermal growth factor domain of P-selectin.
著者: Freedman, S.J. / Sanford, D.G. / Bachovchin, W.W. / Furie, B.C. / Baleja, J.D. / Furie, B.
履歴
登録1996年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-SELECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4561
ポリマ－4,4561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 19
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド P-SELECTIN


分子量: 4455.910 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF DOMAIN, RESIDUES 119 - 158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16109
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 19 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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