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- PDB-1fr3: THE HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF A MOLYBDATE BINDING PROTEIN FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fr3
タイトルTHE HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF A MOLYBDATE BINDING PROTEIN FROM SPOROMUSA OVATA
要素MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / molybdate / tungstate / molybdate homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdate ion transport
類似検索 - 分子機能
Molybdenum-pterin binding domain / Mop domain profile. / Transport-associated OB, type 1 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Metal binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sporomusa ovata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wagner, U.G. / Stupperich, E. / Kratky, C.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure of the molybdate/tungstate binding protein mop from Sporomusa ovata.
著者: Wagner, U.G. / Stupperich, E. / Kratky, C.
履歴
登録2000年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
B: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
C: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
D: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
E: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
F: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
G: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
H: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
I: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
J: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
K: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
L: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,37228
ポリマ－86,40712
非ポリマー3,96516
水6,846380
1
A: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
B: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
C: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
D: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
E: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
F: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,18614
ポリマ－43,2036
非ポリマー1,9838
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21000 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
2
G: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
H: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
I: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
J: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
K: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
L: MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,18614
ポリマ－43,2036
非ポリマー1,9838
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20940 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.724, 138.328, 110.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a hexamer formed by chain A,B,C,D,E,F and symmetry related by one triad and three diads

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要素

#1: タンパク質
MOLYBDATE/TUNGSTATE BINDING PROTEIN / MOP


分子量: 7200.582 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sporomusa ovata (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7SIF7
#2: 化合物
ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 詳細: Wagner, U.G., (1994) J.Mol. Biol., 236, 388.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG80001drop
30.05 MTris-HCl1drop
40.001 mM1dropMoO4
50.001 mM1dropWO4
630 %(w/v)PEG80001reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 131014 / Num. obs: 129178 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 7.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Num. unique all: 6126 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.198 6639 random
Rwork0.185 --
all-129320 -
obs-129320 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 80 380 6460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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