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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fq2 | ||||||||||||||||||
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| タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE POTASSIUM FORM OF B-DNA DODECAMER CGCGAATTCGCG | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(* キーワードDNA / cations / Dickerson Dodecamer / Dickerson-Drew Dodecamer / minor groove | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.2 Å データ登録者Williams, L.D. / Sines, C.C. / McFail-Isom, L. / Howerton, S.B. / VanDerveer, D. | 引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000 | タイトル: Cations Mediate B-DNA Conformational Heterogeneity 著者: Sines, C.C. / McFail-Isom, L. / Howerton, S.B. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 1fq2.cif.gz | 45 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb1fq2.ent.gz | 31.9 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 1fq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 1fq2_validation.pdf.gz | 394.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 1fq2_full_validation.pdf.gz | 401.3 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 1fq2_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 1fq2_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/1fq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/1fq2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 類似構造データ | |
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| その他のデータベース |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
| #1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-SPM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MgCl2, Potassium Cacodylate, Spermine, MPD, DNA. pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 295K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 |
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| 結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 |
| 検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.2→10 Å / Num. obs: 19368 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
| 反射 | *PLUS Num. measured all: 489992 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 6153 / Num. restraintsaints: 1872 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
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| 溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 272 / Occupancy sum non hydrogen: 678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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| 拘束条件 |
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| ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | *PLUS |
ムービー
コントローラー
万見について




X線回折
引用



















PDBj












































