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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fq2 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE POTASSIUM FORM OF B-DNA DODECAMER CGCGAATTCGCG | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / cations / Dickerson Dodecamer / Dickerson-Drew Dodecamer / minor groove | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Williams, L.D. / Sines, C.C. / McFail-Isom, L. / Howerton, S.B. / VanDerveer, D. | ![]() ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000 | タイトル: Cations Mediate B-DNA Conformational Heterogeneity 著者: Sines, C.C. / McFail-Isom, L. / Howerton, S.B. / VanDerveer, D. / Williams, L.D. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 394.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-SPM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MgCl2, Potassium Cacodylate, Spermine, MPD, DNA. pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 295K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→10 Å / Num. obs: 19368 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 489992 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 6153 / Num. restraintsaints: 1872 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 272 / Occupancy sum non hydrogen: 678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |