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- PDB-1fpv: STRUCTURE DETERMINATION OF FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY PARTICLES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fpv
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY PARTICLES
要素FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2
キーワードVIRUS / PANLEUKEMIA VIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Agbandje, M. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Structure determination of feline panleukopenia virus empty particles.
著者: Agbandje, M. / McKenna, R. / Rossmann, M.G. / Strassheim, M.L. / Parrish, C.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination and Refinement of the Canine Parvovirus Empty Capsid Structure
著者: Wu, H. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Canine Parvovirus Empty Capsid Structure
著者: Wu, H. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of Monoclinic Canine Parvovirus
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Wu, H. / Agbandje, M. / Keller, W. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Virology / 年: 1991
タイトル: Mapping Specific Functions in the Capsid Structure of Canine Parvovirus and Feline Panleukopenia Virus Using Infectious Plasmid Clones
著者: Parrish, C.R.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Canine Parvovirus Crystals
著者: Luo, M. / Tsao, J. / Rossmann, M.G. / Basak, S. / Compans, R.W.
履歴
登録1993年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE STRUCTURE OF FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS FOLLOWS THE CANONICAL PICORNAVIRUS "JELLY ROLL" ...SHEET THE STRUCTURE OF FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS FOLLOWS THE CANONICAL PICORNAVIRUS "JELLY ROLL" BARREL. THE SHEET IDENTIFIED AS "BDG" IS THAT REFERRED TO AS "BIDG" IN THE LITERATURE WITH STRANDS 1 TO 5 CORRESPONDING TO STRANDS A, B, I, D, AND G. THE SHEET IDENTIFIED AS "CHF" IS THE SO-CALLED CHEF SHEET WITH STRANDS 1 TO 4 CORRESPONDING TO STRANDS C, H, E, AND F. THESE TWO SHEETS ARE LOOSELY CONNECTED TOGETHER BY HYDROGEN BONDS BETWEEN STRAND 4 OF "CHF" AND RESIDUE 45 IMMEDIATELY PRECEDING STRAND 1 OF "BDG" OF A FIVE-FOLD RELATED PROTOMER THAT IS NOT EXPLICITLY PRESENTED ON THE ATOM RECORDS, BUT WHICH CAN BE GENERATED USING THE SYMMETRY OPERATORS LISTED BELOW. FPV CONTAINS SEVERAL LONG LOOPS BETWEEN STRANDS OF "BDG" AND "CHF" WITH LITTLE ORGANIZED SECONDARY STRUCTURE. THERE ARE STRANDS WITHIN THE LOOPS THAT ARE LOOSELY HYDROGEN-BONDED TOGETHER. WITH FEWER HYDROGEN BONDS AND LESS REGULAR SECONDARY STRUCTURE THEY MUST BE REGARDED MORE TENTATIVELY UNTIL THE STRUCTURE IS REFINED. THIS IS WHY THE SHEET "LP2" HAS BEEN IDENTIFIED SEPARATELY, ALTHOUGH IT COULD BE CONSIDERED TO BE AN EXTENSION OF SHEET "CHF", EXTENDING FROM STRAND 1. STRAND 1 OF "LP2" HAS A BULGE AND A CHANGE OF DIRECTION AT RESIDUE 107, AFTER WHICH IT BECOMES STRAND 1 OF "CHF". THE MIDDLE STRAND OF "LP2" CONTAINS TWO SEGMENTS THAT RUN IN THE SAME GENERAL DIRECTION, BUT ARE SEPARATED BY NON-BETA STRUCTURE. THE FIRST SEGMENT (206 TO 211) HYDROGEN BONDS ON ONE SIDE ONLY, TO RESIDUES 103 TO 111, AND THE SECOND SEGMENT (215 TO 218) HYDROGEN BONDS ON THE OPPOSITE SIDE TO RESIDUES 230 TO 235. IN ORDER TO REPRESENT THE BIFURCATED SHEET STRUCTURE IN THE *SHEET* RECORDS BELOW, TWO SHEETS, *BDG* AND *CDG* ARE DEFINED. STRANDS 1 - 4 OF THESE SHEETS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7641
ポリマ－64,7641
非ポリマー00
水00
1
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,885,82260
ポリマ－3,885,82260
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 324 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,8185
ポリマ－323,8185
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 389 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)388,5826
ポリマ－388,5826
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.89 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,885,82260
ポリマ－3,885,82260
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)380.100, 379.300, 350.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 161 / 2: CIS PROLINE - PRO 423 / 3: CIS PROLINE - PRO 465
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.34816396, -0.81741617, -0.45919745), (0.92408404, 0.38184454, 0.02095686), (0.15771244, -0.43140753, 0.88802549)365.83309, -56.37449, 75.15858
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21generate(0.37475758, -0.08717932, -0.92329592), (0.86445826, -0.32701536, 0.38172769), (-0.33532388, -0.94064726, -0.04774222)298.42106, 31.29546, 434.15861
22generate(-0.09569918, 0.05869496, -0.99382504), (0.05898674, -0.99617138, -0.06482633), (-0.99351435, -0.0644855, 0.09187055)371.04086, 394.66833, 360.9263
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25generate(0.62539653, 0.29335247, -0.72324857), (0.39304735, 0.68208444, 0.61700896), (0.67396777, -0.6698019, 0.31055302)140.52625, -120.41562, 126.49843
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56generate(-0.06949029, -0.91525944, 0.39645994), (-0.32725067, 0.39657366, 0.85812408), (-0.9421193, -0.07055885, -0.32708337)313.18484, 29.70415, 426.33094
57generate(-0.80744399, -0.46372013, 0.36479534), (0.38786733, 0.04872829, 0.92061966), (-0.4447994, 0.88426727, 0.14068172)369.15764, -47.87622, 61.06712
58generate(-0.65210651, 0.32557332, 0.68500567), (0.32526362, -0.69560465, 0.64044723), (0.6844614, 0.64054769, 0.34771117)127.3274, 160.46392, -140.93189
59generate(0.18185103, 0.36184419, 0.91457114), (-0.42854559, -0.80778234, 0.40479556), (0.88506307, -0.4649054, 0.00789732)-78.10471, 366.80558, 99.48967
60generate(0.54192766, -0.40503263, 0.73624007), (-0.83182161, -0.13277902, 0.53932724), (-0.12021909, -0.90439341, -0.40914864)36.7615, 285.9916, 450.07738

-
要素

#1: タンパク質 FELINE PANLEUKOPENIA VIRUS (STRAIN B) VIRAL PROTEIN 2


分子量: 64763.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
属: Parvovirus / 株: STRAIN B / 参照: UniProt: P24840
構成要素の詳細INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 37TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, ...INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY BEGINS AT THE 37TH RESIDUE OF VP2. THERE IS DIFFUSE DENSITY, SUGGESTING THAT ONE IN FIVE OF THE N-TERMINI IS ON THE OUTSIDE OF THE CAPSID, AND THAT THE POLYPEPTIDE RUNS DOWN THE FIVE-FOLD AXIS TO JOIN RESIDUE 37 ON THE INSIDE SURFACE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.75 %(w/v)PEG80001reservoir
28 mM1reservoirCaCl2
310 mMTris-HCl1reservoir
50.75 %(w/v)PEG80001drop
68 mM1dropCaCl2
710 mMTris-HCl1drop
4virus1drop0.005ml

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

精密化最高解像度: 3.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4350 0 0 0 4350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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