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万見
- PDB-1fos: TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fos
タイトルTWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES
要素
  • C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
  • P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COILED-COIL / DNA-BINDING PROTEIN / HETERODIMER / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin / response to gravity / skeletal muscle cell proliferation / cellular response to zinc ion starvation ...cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / mononuclear cell differentiation / cellular response to prolactin / response to gravity / skeletal muscle cell proliferation / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / conditioned taste aversion / SMAD protein signal transduction / NGF-stimulated transcription / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation by host of viral transcription / cellular response to parathyroid hormone stimulus / myoblast proliferation / nuclear chromosome / response to corticosterone / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of DNA binding / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ubiquitin-like protein ligase binding / skeletal muscle cell differentiation / R-SMAD binding / general transcription initiation factor binding / response to immobilization stress / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / response to light stimulus / negative regulation by host of viral transcription / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to cAMP / response to muscle stretch / cellular response to cadmium ion / cellular response to calcium ion / NPAS4 regulates expression of target genes / response to endoplasmic reticulum stress / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / osteoclast differentiation / response to activity / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / response to progesterone / female pregnancy / protein-DNA complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / MAPK6/MAPK4 signaling / response to insulin / euchromatin / response to toxic substance / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to reactive oxygen species / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cellular response to tumor necrosis factor / nervous system development / regulation of cell population proliferation / cellular response to hypoxia / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / response to ethanol / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. ...AP-1 transcription factor / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Protein c-Fos / Transcription factor Jun
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Glover, J.N.M. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the heterodimeric bZIP transcription factor c-Fos-c-Jun bound to DNA.
著者: Glover, J.N. / Harrison, S.C.
履歴
登録1995年3月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
E: P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
F: C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN
G: P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
H: C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9348
ポリマ－53,9348
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
E: P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
F: C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9674
ポリマ－26,9674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
G: P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN
H: C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9674
ポリマ－26,9674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)241.100, 48.690, 66.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 6271.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量: 5994.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN / CELLULAR ONCOGENE C-FOS / G0S7 PROTEIN


分子量: 7379.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PJUN(S)63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3/PLYSS / 参照: UniProt: P01100
#4: タンパク質 C-JUN PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量: 7321.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PJUN(S)63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3/PLYSS / 参照: GenBank: 386839, UniProt: P05412*PLUS
配列の詳細FOS SEQUENCE EXPRESSED CORRESPONDS TO RESIDUES 139 - 200 OF HUMAN P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN. ...FOS SEQUENCE EXPRESSED CORRESPONDS TO RESIDUES 139 - 200 OF HUMAN P55-C-FOS PROTO-ONCOGENE PROTEIN. JUN SEQUENCE EXPRESSED CORRESPONDS TO RESIDUES 263 - 324 OF HUMAN TRANSCRIPTION FACTOR AP-1 (C-JUN PROTO-ONCOGENE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3NH4 ACETATE11
4NACL11
5MGCL211
6SPERMINE11
7DTT11
8BIS-TRIS-PROPANE11
9WATER12
10PEG 40012
11NACL12
12MGCL212
13SPERMINE12
14BIS-TRIS-PROPANE12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMFos63-jun631drop
20.6-0.8 mMDNA1drop
35.5-7.5 %PEG4001drop
4100-200 mMammonium acetate1drop
5150 mM1dropNaCl
627.5 mM1dropMgCl2
71.0 mMspermine1drop
85-10 mMdithiothreitol1drop
925 mMbis-Tris1drop
1011-15 %PEG4001reservoir
11300 mM1reservoirNaCl
1255 mM1reservoirMgCl2
1320. mMspermine1reservoir
145-10 mMdithiothreitol1reservoir
1550 mMbis-Tris1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 14316 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 1
反射
*PLUS
% possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 76796 / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
精密化解像度: 3.05→10 Å / Rfactor Rfree: 0.321 / Rfactor Rwork: 0.23 / Rfactor obs: 0.23 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 1628 0 0 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.05 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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