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万見
- PDB-1fod: STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fod
タイトルSTRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS
要素(FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS) x 4
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Logan, D.T. / Lea, S. / Lewis, R. / Stuart, D. / Fry, E.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Structure of a major immunogenic site on foot-and-mouth disease virus.
著者: Logan, D. / Abu-Ghazaleh, R. / Blakemore, W. / Curry, S. / Jackson, T. / King, A. / Lea, S. / Lewis, R. / Newman, J. / Parry, N. / Rowlands, D. / Stuart, D. / Fry, E.
#1: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1990
タイトル: Architecture and Topography of an Aphthovirus
著者: Fry, E. / Logan, D. / Acharya, R. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Stuart, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Structural and Serological Evidence for a Novel Mechanism of Antigenic Variation in Foot-and-Mouth Disease Virus
著者: Parry, N. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Fry, E. / Acharya, R. / Logan, D. / Stuart, D.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F.
履歴
登録1993年10月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
3: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
4: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8274
ポリマ－80,8274
非ポリマー00
水00
1
1: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
3: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
4: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,849,594240
ポリマ－4,849,594240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
3: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
4: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 404 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,13320
ポリマ－404,13320
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
3: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
4: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 485 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,95924
ポリマ－484,95924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
2: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
3: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
4: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 404 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,13320
ポリマ－404,13320
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)345.000, 345.000, 345.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 1 111 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 84
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)
3generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)
4generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)
5generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)

-
要素

#1: タンパク質 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS


分子量: 23814.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771
#2: タンパク質 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS


分子量: 24373.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771
#3: タンパク質 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS


分子量: 23860.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771
#4: タンパク質 FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: P87677
構成要素の詳細ATTACHMENT OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (FMDV) TO ITS CELLULAR RECEPTOR INVOLVES A LONG AND ...ATTACHMENT OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (FMDV) TO ITS CELLULAR RECEPTOR INVOLVES A LONG AND HIGHLY ANTIGENIC LOOP CONTAINING THE CONSERVED ARG-GLY-ASP SEQUENCE, A MOTIF KNOWN TO BE A RECOGNITION ELEMENT IN MANY INTEGRIN-DEPENDENT CELL ADHESION PROCESSES. IN THE ORIGINAL CRYSTAL STRUCTURE OF FMDV (REF 3), THE ARG-GLY-ASP CONTAINING LOOP LOCATED BETWEEN BETA STRANDS G AND H OF CAPSID PROTEIN VP1 WAS DISORDERED. IT WAS SURMISED THAT THE DISORDER WAS ENHANCED BY A DISULFIDE BOND LINKING THE BASE OF THE LOOP CYS 134 TO CYS 130 OF VP2. THESE COORDINATES ARE FOR VIRUS EXPOSED TO A REDUCING ENVIRONMENT (CRYSTALS WERE SOAKED IN 10MM DTT PRIOR TO DATA COLLECTION) SO THAT THE DISULFIDE BRIDGE WAS AT LEAST 85 PER CENT REDUCED. IN THIS STRUCTURE RESIDUES 134 - 157 ADOPT A SINGLE CONFORMATION WHICH IS FOR THE MOST PART UNAMBIGUOUS. HOWEVER, RESIDUES 137 AND 138 OF VP1 WERE DIFFICULT TO MODEL EXACTLY - THEY LIE IN ESSENTIALLY THE CORRECT POSITION BUT THE DEPOSITORS CANNOT BE SURE THAT THE CONFORMATION IS EXACTLY RIGHT. THE REDUCED VIRUS RETAINS INFECTIVITY AND SEROLOGICAL EXPERIMENTS SUGGEST THAT SOME OF THE LOOP'S INTERNAL STRUCTURE IS CONSERVED.
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: POLG_FMDVO SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ILE 780 VAL 1 56 ALA 788 GLY 1 64 ASN 861 SER 1 137 TYR 416 CYS 2 130 GLN 589 HIS 3 85 ALA 672 THR 3 168 GLY 677 ASP 3 173 THE SEQUENCE USED IN THIS ENTRY AGREES WITH THAT DETERMINED BY D. ROWLANDS FOR O1BFS 1860 EXCEPT FOR RESIDUE 173 OF CHAIN 3. THIS DIFFERENCE HAS NOT BEEN RESOLVED BECAUSE THE AUTHORS OF THIS ENTRY FIND THAT THE DENSITY FITS WELL IF THEY ASSUME THAT RESIDUE 173 OF CHAIN 3 IS ASP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
317-19 %ammonium sulfate12
40.1 Msodium phosphate12
1ammonium sulfate11
2virus11
512NaN3

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.208 / Rfactor obs: 0.208 / 最高解像度: 2.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5363 0 0 0 5363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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