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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fod | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A MAJOR IMMUNOGENIC SITE ON FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS | ||||||
![]() | (FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS) x 4 | ||||||
![]() | VIRUS / Icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | ![]() icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Logan, D.T. / Lea, S. / Lewis, R. / Stuart, D. / Fry, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a major immunogenic site on foot-and-mouth disease virus. 著者: Logan, D. / Abu-Ghazaleh, R. / Blakemore, W. / Curry, S. / Jackson, T. / King, A. / Lea, S. / Lewis, R. / Newman, J. / Parry, N. / Rowlands, D. / Stuart, D. / Fry, E. #1: ![]() タイトル: Architecture and Topography of an Aphthovirus 著者: Fry, E. / Logan, D. / Acharya, R. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Stuart, D. #2: ![]() タイトル: Structural and Serological Evidence for a Novel Mechanism of Antigenic Variation in Foot-and-Mouth Disease Virus 著者: Parry, N. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. / Fry, E. / Acharya, R. / Logan, D. / Stuart, D. #3: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Foot-and-Mouth Disease Virus at 2.9 Angstroms Resolution 著者: Acharya, R. / Fry, E. / Stuart, D. / Fox, G. / Rowlands, D. / Brown, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 392.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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6 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 1 111 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 84 | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23814.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24373.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
#3: タンパク質 | 分子量: 23860.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: Q84771 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Aphthovirus / 株: STRAIN BFS, 1860 / 参照: UniProt: P87677 |
構成要素の詳細 | ATTACHMENT OF FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (FMDV) TO ITS CELLULAR RECEPTOR INVOLVES A LONG AND ...ATTACHMENT |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.208 / Rfactor obs: 0.208 / 最高解像度: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.7 |