[日本語] English
万見
- PDB-1fny: LEGUME LECTIN OF THE BARK OF ROBINIA PSEUDOACACIA. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fny
タイトルLEGUME LECTIN OF THE BARK OF ROBINIA PSEUDOACACIA.
要素BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / legume lectin / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bark agglutinin I polypeptide A
類似検索 - 構成要素
生物種Robinia pseudoacacia (ニセアカシア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Rabijns, A. / Verboven, C. / Rouge, P. / Barre, A. / Van Damme, E.J. / Peumans, W.J. / De Ranter, C.J.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Structure of a legume lectin from the bark of Robinia pseudoacacia and its complex with N-acetylgalactosamine.
著者: Rabijns, A. / Verboven, C. / Rouge, P. / Barre, A. / Van Damme, E.J. / Peumans, W.J. / De Ranter, C.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: A legume lectin from the bark of Robinia pseudoacacia crystallizes in two crystal forms: preliminary diffraction analyses
著者: Rabijns, A. / Verboven, C. / Van Damme, E.J. / Peumans, W.J. / De Ranter, C.J.
履歴
登録2000年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6512
ポリマ－25,6111
非ポリマー401
水3,171176
1
A: BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
ヘテロ分子

A: BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
ヘテロ分子

A: BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
ヘテロ分子

A: BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,6038
ポリマ－102,4424
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)64.078, 75.854, 118.084
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from chain A by two crystallographic two-folds.

-
要素

#1: タンパク質 BARK AGGLUTININ I,POLYPEPTIDE A / BARK LECTIN


分子量: 25610.604 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-268 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Robinia pseudoacacia (ニセアカシア) / 組織: BARK / 参照: UniProt: Q41159
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 30%(w/v) polyethylene glycol 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 8
詳細: Rabijns, A., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1638.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris1drop
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
430 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9091
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9091 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→15 Å / Num. all: 26646 / Num. obs: 22296 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 1.41 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 13.922 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 22.45
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Num. unique all: 1330 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 97833

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.81→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2644 9.924 %Random
Rwork0.189 ---
all0.191 26646 --
obs0.191 26642 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 1 176 1969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg26.181
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.821
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る