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万見
- PDB-1fmo: CRYSTAL STRUCTURE OF A POLYHISTIDINE-TAGGED RECOMBINANT CATALYTIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fmo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A POLYHISTIDINE-TAGGED RECOMBINANT CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE COMPLEXED WITH THE PEPTIDE INHIBITOR PKI(5-24) AND ADENOSINE
要素
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
  • HEAT STABLE RABBIT SKELETAL MUSCLE INHIBITOR PROTEIN
キーワードCOMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE/INHIBITOR) / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-INHIBITOR) / PHOSPHORYLATION / POLYHISTIDINE-TAG / PROTEIN KINASE / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion ...PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Hedgehog 'off' state / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / CD209 (DC-SIGN) signaling / RET signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Mitochondrial protein degradation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Ion homeostasis / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / cAMP/PKA signal transduction / plasma membrane raft / axoneme / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of TORC1 signaling / sperm midpiece / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / acrosomal vesicle / protein export from nucleus / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / mRNA processing / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / manganese ion binding / cellular response to heat / molecular adaptor activity / protein kinase activity / regulation of cell cycle / postsynapse / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Narayana, N. / Cox, S. / Shaltiel, S. / Taylor, S.S. / Xuong, N.-H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of a polyhistidine-tagged recombinant catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase complexed with the peptide inhibitor PKI(5-24) and adenosine.
著者: Narayana, N. / Cox, S. / Shaltiel, S. / Taylor, S.S. / Xuong, N.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: A Binary Complex of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase and Adenosine Further Defines Conformational Flexibility
著者: Narayana, N. / Cox, S. / Xuong, N.H. / Ten Eyck, L.F. / Taylor, S.S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase Complexed with Mgatp and Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Ten Eyck, L.F. / Karlsson, R. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1993
タイトル: Expression of the Catalytic Subunit of Camp-Dependent Protein Kinase in Escherichia Coli: Multiple Isozymes Reflect Different Phosphorylation States
著者: Herberg, F.W. / Bell, S.M. / Taylor, S.S.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J.H. / Ten Eyck, L.F. / Ashford, V.A. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J.H. / Ten Eyck, L.F. / Xuong, N.H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
履歴
登録1997年7月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: HEAT STABLE RABBIT SKELETAL MUSCLE INHIBITOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1513
ポリマ－42,8842
非ポリマー2671
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.080, 78.440, 80.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE / CAPK / PKA


分子量: 40657.316 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: SKELETAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド HEAT STABLE RABBIT SKELETAL MUSCLE INHIBITOR PROTEIN / PKI-ALPHA / PKI(5-24)


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5 - 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P61926
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ORTHORHOMBIC CRYSTALS OF THE TERNARY COMPLEX, COMPRISED OF MOUSE HIS6-RC SUBUNIT, PKI (5-24) AND ADENOSINE, WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2-METHYL-2,4- ...詳細: ORTHORHOMBIC CRYSTALS OF THE TERNARY COMPLEX, COMPRISED OF MOUSE HIS6-RC SUBUNIT, PKI (5-24) AND ADENOSINE, WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD) AS THE PRECIPITATING AGENT. THE MOTHER-LIQUOR CONTAINED PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 0.25 MM IN 100 MM BICINE BUFFER AT PH 8.0, 0.75 MM PKI(5-24), 4 MM ADENOSINE AND 4% MPD. THE RESERVOIR SOLUTION WAS MADE UP OF 20% MPD IN 100 MM BICINE BUFFER (PH 8.0). X-RAY DIFFRACTION QUALITY CRYSTALS (0.2 X 0.15 X 0.8 MM3) WERE GROWN AT 4 C IN APPROXIMATELY 4 - 6 WEEKS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.25 mMprotein1drop
2100 mMBicine1drop
30.75 mMPKI(5-24)1drop
44 mMadenosine1drop
54 %MPD1drop
620 %MPD1reservoir
7100 mMBicine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年2月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 21679 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
TNT5E精密化
X-PLOR3.1精密化
UCSDデータ削減
UCSDデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1APM

1apm


解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.182 --
obs-19980 85 %
溶媒の処理Bsol: 167.1 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2949 0 19 90 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01230441.3
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.540882.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d217860
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01782.2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0143110
X-RAY DIFFRACTIONt_it3058
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.041418
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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