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- PDB-1fle: CRYSTAL STRUCTURE OF ELAFIN COMPLEXED WITH PORCINE PANCREATIC ELASTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fle
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ELAFIN COMPLEXED WITH PORCINE PANCREATIC ELASTASE
要素
  • ELAFIN
  • ELASTASE
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEASE/INHIBITOR) / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / ZYMOGEN / PANCREAS / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of skin epidermis / copulation / pancreatic elastase / peptide cross-linking / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...structural constituent of skin epidermis / copulation / pancreatic elastase / peptide cross-linking / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix / serine-type endopeptidase inhibitor activity / antibacterial humoral response / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Seminal vesicle protein I / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / Trappin protein transglutaminase binding domain / Seminal vesicle protein I repeats signature. / : / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' ...Seminal vesicle protein I / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / Trappin protein transglutaminase binding domain / Seminal vesicle protein I repeats signature. / : / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elafin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tsunemi, M. / Matsuura, Y. / Sakakibara, S. / Katsube, Y.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of an elastase-specific inhibitor elafin complexed with porcine pancreatic elastase determined at 1.9 A resolution.
著者: Tsunemi, M. / Matsuura, Y. / Sakakibara, S. / Katsube, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of a Complex between an Elastase-Specific Inhibitor Elafin and Porcine Pancreatic Elastase
著者: Tsunemi, M. / Matsuura, Y. / Sakakibara, S. / Katsube, Y.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1992
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of Elafin, an Elastase-Specific Inhibitor
著者: Tsunemi, M. / Kato, H. / Nishiuchi, Y. / Kumagaye, S. / Sakakibara, S.
履歴
登録1996年7月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ELASTASE
I: ELAFIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9422
ポリマ－31,9422
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.910, 73.320, 48.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: タンパク質 ELAFIN / SKIN-DERIVED ANTILEUKOPROTEINASE (SKALP)


分子量: 6014.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: SKIN / 参照: UniProt: P19957
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 5.9 / 詳細: pH 5.9
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
168-74 %(v/v)MPD11
210 mMphosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 15809 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 20575

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解析

ソフトウェア
名称分類
RAXISデータ収集
PROFFT精密化
R-AXISデータ削減
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.197 --
obs-15809 76.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.81 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 0 157 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9241
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6611.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5031.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.4382
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1670.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.240.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1920.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 15659 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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