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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fkl | ||||||
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タイトル | ATOMIC STRUCTURE OF FKBP12-RAPAYMYCIN, AN IMMUNOPHILIN-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX | ||||||
![]() | FK506 BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | ROTAMASE / FK506 BINDING PROTEIN / FKBP12 / FKBP / CIS-TRANS PROLYL-ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / : / cytoplasmic side of membrane / activin binding / heart trabecula formation / ryanodine receptor complex / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol ...mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / : / cytoplasmic side of membrane / activin binding / heart trabecula formation / ryanodine receptor complex / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / response to caffeine / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / FK506 binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / SMAD binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of immune response / calcium channel inhibitor activity / heart morphogenesis / muscle contraction / T cell proliferation / supramolecular fiber organization / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / T cell activation / negative regulation of protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum / positive regulation of protein ubiquitination / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Z disc / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of protein localization / positive regulation of protein binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / amyloid fibril formation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wilson, K.P. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Navia, M.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative X-ray structures of the major binding protein for the immunosuppressant FK506 (tacrolimus) in unliganded form and in complex with FK506 and rapamycin. 著者: Wilson, K.P. / Yamashita, M.M. / Sintchak, M.D. / Rotstein, S.H. / Murcko, M.A. / Boger, J. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Black, J.R. / Navia, M.A. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Calcineurin Inhibited by the Immunophilin-Immunosuppressant Fkbp12-Fk506 Complex 著者: Griffith, J.P. / Kim, J.L. / Kim, E.E. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Fleming, M.A. / Caron, P.R. / Hsiao, K. / Navia, M.A. #2: ![]() タイトル: Improved Calcineurin Inhibition by Yeast Fkbp12-Drug Complexes 著者: Rotonda, J. / Burbaum, J.J. / Chan, H.K. / Marcy, A.I. / Becker, J.W. #3: ![]() タイトル: Fk-506-Binding Protein: Three-Dimensional Structure of the Complex with the Antagonist L-685,818 著者: Becker, J.W. / Rotonda, J. / Mckeever, B.M. / Chan, H.K. / Marcy, A.I. / Wiederrecht, G. / Hermes, J.D. / Springer, J.P. #4: ![]() タイトル: Atomic Structures of Human Immunophilin Fkbp12 Complexes with Fk506 and Rapamycin 著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. #5: ![]() タイトル: Atomic Structure of the Rapamycin Human Immunophilin Fkbp-12 Complex 著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. #6: ![]() タイトル: Atomic Structure of Fkbp-Fk506, an Immunophilin-Immunosuppressant Complex 著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11794.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MR 12,000 DALTONS / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-RAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→7 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.24 |