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- PDB-1fje: SOLUTION STRUCTURE OF NUCLEOLIN RBD12 IN COMPLEX WITH SNRE RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fje
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF NUCLEOLIN RBD12 IN COMPLEX WITH SNRE RNA
要素
  • NUCLEOLIN RBD12
  • SNRE RNA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / RNP / RBD / RRM / RNA binding domain / RNA-protein complex / Nucleolus / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / telomeric DNA binding / spliceosomal complex / ribonucleoprotein complex / nucleolus / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Nucleolin, RNA recognition motif 1 / Nucleolin, RNA recognition motif 2 / Nucleolin, RNA recognition motif 3 / Nucleolin, RNA recognition motif 4 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleolin
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing using XPLOR 3.841
データ登録者Allain, F.H.T. / Bouvet, P. / Dieckmann, T. / Feigon, J.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Molecular basis of sequence-specific recognition of pre-ribosomal RNA by nucleolin.
著者: Allain, F.H. / Bouvet, P. / Dieckmann, T. / Feigon, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of the two N-terminal RNA-binding domains of Nucleolin and NMR study of the interaction with its RNA target
著者: Allain, F.H.T. / Gilbert, D.E. / Bouvet, P. / Feigon, J.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SNRE RNA
B: NUCLEOLIN RBD12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4612
ポリマ－26,4612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 40all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 SNRE RNA


分子量: 7095.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcription by T7 RNA polymerase
#2: タンパク質 NUCLEOLIN RBD12 / PROTEIN C23


分子量: 19365.744 Da / 分子数: 1 / Fragment: TWO N-TERMINAL RBD DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / プラスミド: PET15-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08199

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
12113C-12C filtered 3D
1323D 15N-separated NOESY
1432D NOESY
2532D NOESY
1643D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM U-15N,13C nucleolin RBD12 in complex with unlabeled RNA90% H2O/10% D2O
21mM U-15N nucleolin RBD12 in complex with unlabeled RNA90% H2O/10% D2O
31mM U-15N nucleolin RBD12 in complex with unlabeled RNA100% D2O
41mM U-15N-13C RNA in complex with U-15N nucleolin RBD12100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150 6.2 ambient 303 K
2150 6.2 ambient 318 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.841BRUNGER精密化
X-PLOR3.841BRUNGER構造決定
精密化手法: simulated annealing using XPLOR 3.841 / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on 3246 constraints, 3010 are NOE-derived including 150 intermolecular
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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