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- PDB-1fio: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST T-SNARE PROTEIN SSO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fio
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YEAST T-SNARE PROTEIN SSO1
要素SSO1 PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / four helix bundle / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / Golgi vesicle fusion to target membrane / sporulation / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / ascospore formation / vesicle docking / SNARE complex ...Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / Golgi vesicle fusion to target membrane / sporulation / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / ascospore formation / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidic acid binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / SNARE complex assembly / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / endomembrane system / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / Golgi membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / multiwavelength anomalous diffraction / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Munson, M. / Chen, X. / Cocina, A.E. / Schultz, S.M. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Interactions within the yeast t-SNARE Sso1p that control SNARE complex assembly.
著者: Munson, M. / Chen, X. / Cocina, A.E. / Schultz, S.M. / Hughson, F.M.
履歴
登録2000年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SSO1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9293
ポリマ－22,7981
非ポリマー1312
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.517, 49.855, 113.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SSO1 PROTEIN


分子量: 22798.424 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: YEAST T-SNARE PROTEIN
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32867
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, PEG 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoir
314 %(w/v)PEG40001reservoir
410 %(v/v)isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.979345
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. all: 18088 / Num. obs: 18088 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1797 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: multiwavelength anomalous diffraction
解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1398 10 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.227 14265 --
obs0.221 14025 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 80.7191 Å2 / ksol: 0.455486 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1553 0 2 153 1708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.59
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 126 9.2 %
Rwork0.238 1239 -
obs--96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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