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万見
- PDB-5an6: Crystal structure of Thermotoga maritima Csm2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5an6
タイトルCrystal structure of Thermotoga maritima Csm2
要素CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR-CAS / CD-SAD
機能・相同性CRISPR-associated protein, Csm2 Type III-A / Csm2 Type III-A / defense response to virus / RNA binding / : / CRISPR system Cms protein Csm2
機能・相同性情報
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Gallo, G. / Augusto, G. / Rangel, G. / Zelanis, A. / Mori, M.A. / Campos, C.B. / Wurtele, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Dimer Formation of the Crispr-Associated Protein Csm2 of Thermotoga Maritima.
著者: Gallo, G. / Augusto, G. / Rangel, G. / Zelanis, A. / Mori, M.A. / Campos, C.B. / Wurtele, M.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
B: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
C: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,07010
ポリマ－44,2833
非ポリマー7877
水2,000111
1
B: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
C: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3099
ポリマ－29,5222
非ポリマー7877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-94.5 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
2
A: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY

A: CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5222
ポリマ－29,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area8660 Å2
ΔGint-71.1 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.000, 77.000, 160.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN, CSM2 FAMILY / CSM2


分子量: 14760.979 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 6-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X2D0
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM SODIUM ACETATE PH 4.6 100MM CADMIUM CHLORIDE 21% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21688 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 12.63 / 冗長度: 6.24 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.63
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.03 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.403→41.651 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1119 5.2 %
Rwork0.2098 --
obs0.2119 21679 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→41.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 0 7 111 3247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1114275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.691245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4033-2.51270.28821260.23522384X-RAY DIFFRACTION93
2.5127-2.64510.29461360.22212529X-RAY DIFFRACTION98
2.6451-2.81080.31211190.22532543X-RAY DIFFRACTION98
2.8108-3.02780.27641310.23482553X-RAY DIFFRACTION99
3.0278-3.33240.25891310.2352598X-RAY DIFFRACTION99
3.3324-3.81430.26121370.19882603X-RAY DIFFRACTION99
3.8143-4.80440.21241740.18082616X-RAY DIFFRACTION100
4.8044-41.65680.23921650.2122734X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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