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- PDB-1fhy: PSORALEN CROSS-LINKED D(CCGCTAGCGG) FORMS HOLLIDAY JUNCTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fhy
タイトルPSORALEN CROSS-LINKED D(CCGCTAGCGG) FORMS HOLLIDAY JUNCTION
要素DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / psoralen / cross-linked DNA / Holliday junction / 4-way junction / DNA-drug complex
機能・相同性4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eichman, B.F. / Mooers, B.H.M. / Alberti, M. / Hearst, J.E. / Ho, P.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The crystal structures of psoralen cross-linked DNAs: drug-dependent formation of Holliday junctions.
著者: Eichman, B.F. / Mooers, B.H. / Alberti, M. / Hearst, J.E. / Ho, P.S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Holliday junction in an inverted repeat DNA sequence: Sequence effects on the structure of four-way junctions
著者: Eichman, B.F. / Vargason, J.M. / Mooers, B.H.M. / Ho, P.S.
履歴
登録2000年8月2日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3904
ポリマ－6,0922
非ポリマー2982
水46826
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7818
ポリマ－12,1844
非ポリマー5974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)70.674, 23.769, 44.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.11, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細A four-way junction is a dimer constructed from chains A and B and a symmetry partner generated by the two-fold

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3045.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA IS CROSS-LINKED BY PSORALEN
#2: 化合物 ChemComp-PSO / 4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN


分子量: 258.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium cacodylate, MgCl2, MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2MgCl211
3MPD11
4MgCl212
5MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mM1drop
2150 mM1dropMgCl2
30.5 mMspermine-HCl1drop
410 %(v/v)MPD1drop
520 %(v/v)1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.65 Å / Num. all: 10418 / Num. obs: 2937 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Num. unique all: 299 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 10418
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→34.65 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
詳細: ANISOTROPIC B VALUES WERE APPLIED TO FCALC DURING REFINEMENT IN ORDER TO SCALE FCALC TO FOBS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 316 10.8 %random
Rwork0.245 ---
all0.248 2928 --
obs0.248 2928 97.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.1053 Å20 Å2-8.523 Å2
2--28.494 Å20 Å2
3----12.3887 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 20 26 450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.574
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 34.7 Å / Rfactor Rfree: 0.283
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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