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- PDB-2kw6: Solution NMR Structure of Cyclin-dependent kinase 2-associated pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kw6
タイトルSolution NMR Structure of Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1 (CDK2-associated protein 1; oral cancer suppressor Deleted in oral cancer 1, DOC-1) from H.sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target Target HR3057H
要素Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / CANCER SUPPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase binding / DNA-templated DNA replication / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1300 / Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1/2 / Cyclin-dependent kinase 2-associated protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ertekin, A. / Aramini, J.M. / Rossi, P. / Lee, A.B. / Jiang, M. / Ciccosanti, C.T. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Rost, B. / Everett, J.K. ...Ertekin, A. / Aramini, J.M. / Rossi, P. / Lee, A.B. / Jiang, M. / Ciccosanti, C.T. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Rost, B. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Human cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1 (CDK2AP1) is dimeric in its disulfide-reduced state, with natively disordered N-terminal region.
著者: Ertekin, A. / Aramini, J.M. / Rossi, P. / Leonard, P.G. / Janjua, H. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Lee, H.W. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1
B: Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8812
ポリマ－14,8812
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2-associated protein 1 / CDK2-associated protein 1 / Putative oral cancer suppressor / Deleted in oral cancer 1 / DOC-1


分子量: 7440.539 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 61-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2AP1, CDKAP1, DOC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O14519

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1413D HNCO
1513D HBHA(CO)NH
1612D 1H-13C arom NOESY
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HNCA
1913D HN(CO)CA
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D (H)CCH-COSY
11212D 1H-15N hetNOE
11313D HN(CA)CB
11413D HN(CA)CO
11513D CBCA(CO)NH
11613D HN(CA)CB
11722D 1H-13C HSQC high res. (L/V methyl stereospecific assignment)
11822D 1H-15N T1 relaxation
11922D 1H-15N T2 relaxation
12022D 1H-15N hetNOE
1213X-filtered 13C NOESY
12242D 1H-15N TROSY
12353D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR3057H, 20 mM MES, 50 uM DSS, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.68 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR3057H, 20 mM MES, 50 uM DSS, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.92 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] + unlabeled HR3057H, 20 mM MES, 50 uM DSS, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.68 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] + unlabeled HR3057H, 20 mM MES, 50 uM DSS, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % sodium azide, 7 % Polyacrylamide Gel, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] + unlabeled HR3057H, 20 mM MES, 50 uM DSS, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.02 % sodium azide, 4.2 % PEG, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMHR3057H-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
50 uMDSS-31
200 mMNaCl-41
10 mMDTT-51
5 mMCaCl2-61
0.02 %sodium azide-71
0.68 mMHR3057H-8[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-92
50 uMDSS-102
200 mMNaCl-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCl2-132
0.02 %sodium azide-142
0.92 mMHR3057H-15[U-100% 13C; U-100% 15N] + unlabeled3
20 mMMES-163
50 uMDSS-173
200 mMNaCl-183
10 mMDTT-193
5 mMCaCl2-203
0.02 %sodium azide-213
0.68 mMHR3057H-22[U-5% 13C; U-100% 15N] + unlabeled4
20 mMMES-234
50 uMDSS-244
200 mMNaCl-254
10 mMDTT-264
5 mMCaCl2-274
0.02 %sodium azide-284
7 %Polyacrylamide Gel-294
0.9 mMHR3057H-30[U-100% 13C; U-100% 15N] + unlabeled5
20 mMMES-315
50 uMDSS-325
200 mMNaCl-335
10 mMDTT-345
5 mMCaCl2-355
0.02 %sodium azide-365
4.2 %PEG-375
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
Sparky3Goddardpeak picking
Sparky3Goddardデータ解析
PINE1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
PSVS1.4Bhattacharya and Montelionestructure quality analysis
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle constraints
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination of this symmetric homodimer was performed iteratively using CYANA3.0. The 20 structures out of 100 with lowest target function were further refined by restrained ...詳細: Structure determination of this symmetric homodimer was performed iteratively using CYANA3.0. The 20 structures out of 100 with lowest target function were further refined by restrained molecular dynamics/energy minimization in explicit water using CNS 1.1. Residual dipolar couplings were applied at all stages of the structure determination.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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