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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fhi | ||||||
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タイトル | SUBSTRATE ANALOG (IB2) COMPLEX WITH THE FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN, FHIT | ||||||
![]() | FRAGILE HISTIDINE TRIAD PROTEIN | ||||||
![]() | NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / CANCER / DIADENOSINE TRIPHOSPHATE HYDROLASE / HISTIDINE TRIAD / TUMOR SUPPRESSOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase / adenylylsulfatase / diadenosine triphosphate catabolic process / adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / purine nucleotide metabolic process / adenylylsulfatase activity / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity ...adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase / adenylylsulfatase / diadenosine triphosphate catabolic process / adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / purine nucleotide metabolic process / adenylylsulfatase activity / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / fibrillar center / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pace, H.C. / Garrison, P.N. / Barnes, L.D. / Draganescu, A. / Rosler, A. / Blackburn, G.M. / Siprashvili, Z. / Croce, C.M. / Huebner, K. / Brenner, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Genetic, biochemical, and crystallographic characterization of Fhit-substrate complexes as the active signaling form of Fhit. 著者: Pace, H.C. / Garrison, P.N. / Robinson, A.K. / Barnes, L.D. / Draganescu, A. / Rosler, A. / Blackburn, G.M. / Siprashvili, Z. / Croce, C.M. / Huebner, K. / Brenner, C. #1: ![]() タイトル: Purification and Crystallization of Complexes Modeling the Active State of the Fragile Histidine Triad Protein 著者: Brenner, C. / Pace, H.C. / Garrison, P.N. / Robinson, A.K. / Rosler, A. / Liu, X.H. / Blackburn, G.M. / Croce, C.M. / Huebner, K. / Barnes, L.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 680.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 690.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16886.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-IB2 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: FHIT PROTEIN (13.4 MG/ML) WAS COCRYSTALLIZED WITH 2.5 MOLAR EQUIVALENTS OF IB2 BY MIXING WITH AN EQUAL VOLUME (2.5 - 4 MICROLITERS) OF 2 M AMMONIUM SULFATE, 4% PEG 400 0.1 M NA HEPES PH 7.5 ...詳細: FHIT PROTEIN (13.4 MG/ML) WAS COCRYSTALLIZED WITH 2.5 MOLAR EQUIVALENTS OF IB2 BY MIXING WITH AN EQUAL VOLUME (2.5 - 4 MICROLITERS) OF 2 M AMMONIUM SULFATE, 4% PEG 400 0.1 M NA HEPES PH 7.5 ON A SILICONIZED COVERSLIP WHICH WAS SEALED OVER A 0.8 ML VOLUME OF THE SAME SOLUTION FOR 1 - 4 WEEKS AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop Temp details: room temp | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→43.9 Å / Num. obs: 2965 / % possible obs: 68.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 39.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.097 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 39.1 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 精密化 開始モデル: PDB ENTRY 1FIT 解像度: 3.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.5
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.156 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.284 |