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- PDB-1ffn: CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE CLASS I H-2DB COMPLEXED WITH PEPTIDE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ffn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURINE CLASS I H-2DB COMPLEXED WITH PEPTIDE GP33(C9M)
要素
  • BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN
  • H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
  • SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET
キーワードIMMUNE SYSTEM/SIGNALING PROTEIN / major histocompatibility complex / peptide binding / T cell receptor / IMMUNE SYSTEM-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, B. / Sharma, A. / Maile, R. / Saad, M. / Collins, E.J. / Frelinger, J.A.
引用
ジャーナル: J.IMMUNOL. / 年: 2002
タイトル: Peptidic termini play a significant role in TCR recognition
著者: Wang, B. / Sharma, A. / Maile, R. / Saad, M. / Collins, E.J. / Frelinger, J.A.
#1: ジャーナル: J.EXP.MED. / 年: 1999
タイトル: Structural evidence of T cell xeno reactivity in the absence of molecular mimicry
著者: Zhao, R. / Loftus, D.J. / Apella, E. / Collins, E.J.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN
C: SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET
D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN
F: SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3706
ポリマ－89,3706
非ポリマー00
水57632
1
A: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
B: BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN
C: SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6853
ポリマ－44,6853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
D: H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN
E: BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN
F: SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6853
ポリマ－44,6853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.258, 68.913, 81.751
Angle α, β, γ (deg.)72.92, 73.24, 69.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細H-2 Db heavy chain is noncovalently associted to beta-2 microglobulin light chain. Heavy chain comprises of three subunits alpha1, alpha2 and alpha3. Peptide binds in the groove formed by the alpha1 and alpha2 domains of heavy chain.

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要素

#1: タンパク質 H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, D-B ALPHA CHAIN / H-2D(B)


分子量: 31804.420 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR PORTION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN, BETA CHAIN


分子量: 11835.555 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-2 MICROGLOBULIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド SYNTHETIC PEPTIDE WITH SEQUENCE LYS-ALA-VAL-TYR-ASN-PHE-ALA-THR-MET


分子量: 1045.232 Da / 分子数: 2 / 断片: GP33 PEPTIDE WITH SUBSTITUTION / Mutation: C9M / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was synthesized.
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14% PEG8000, 1% Dioxane, 25mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 mMMES1droppH6.5
310-20 %PEG80001reservoir
425 mMMES1reservoirpH6.5
51 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 22352 / Num. obs: 22352 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Num. unique all: 3591 / % possible all: 85.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 99827
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 85.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 2.7→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 721708.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used Maximum Likelihood function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1154 5.2 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all-22352 --
obs-22352 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.52 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.11 Å2-1.98 Å2-0.25 Å2
2--5.19 Å2-1.99 Å2
3---0.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6294 0 0 32 6326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 179 5 %
Rwork0.351 3412 -
obs--86.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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