PDB-1fes: SOLUTION STRUCTURE OF THE APO FORM OF THE YEAST METALLOCHAPERONE, ATX1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fes

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE APO FORM OF THE YEAST METALLOCHAPERONE, ATX1

要素

ATX1 COPPER CHAPERONE

キーワード

METAL TRANSPORT / Metallochaperone / Atx1 / HEAVY-METAL-ASSOCIATED DOMAIN / OXYGEN TOXICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

copper chaperone activity / copper ion transport / cellular response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics restrained energy minimization

Model type details

minimized average

データ登録者

Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Huffman, D.L. / O'Halloran, T.V.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Solution structure of the Cu(I) and apo forms of the yeast metallochaperone, Atx1.
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Huffman, D.L. / O'Halloran, T.V.

履歴

登録	2000年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月21日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fes.cif.gz	33.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fes.ent.gz	22.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fes_validation.pdf.gz	248.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fes_full_validation.pdf.gz	248.6 KB	表示
XML形式データ	1fes_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	1fes_validation.cif.gz	3.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fd8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ubq-d 5w46-2 2kox-d 1d3z-d 4rqm-3 1yjr-d 5j6x-1 2znv-3 1ubi-d 6sdf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATX1 COPPER CHAPERONE

8.23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル		minimized average structure

#1: タンパク質	ATX1 COPPER CHAPERONE / ATX1 分子量: 8232.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38636

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	15N-1H HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 1.8mM Apo-Atx1 15N; 100mM phosphate buffer NA; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM phosphate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR			解析
XEASY		Eccles, Guentert, Billeter, Wuethrich	データ解析
DYANA		Guentert, Mumenthaler, Wuethrich	構造決定
CORMA		Borgias, Thomas, James	iterative matrix relaxation
Amber	6	Case, Kollman et al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing torsion angle dynamics restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1 / 詳細: 1252 meaningful NOEs

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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