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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fee | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF COPPER-HAH1 | |||||||||
要素 | COPPER TRANSPORT PROTEIN ATOX1 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / beta-alpha-beta-beta-alpha-beta | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Lamb, A.L. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000 タイトル: Structural basis for copper transfer by the metallochaperone for the Menkes/Wilson disease proteins. 著者: Wernimont, A.K. / Huffman, D.L. / Lamb, A.L. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fee.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fee.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fee_validation.pdf.gz | 456.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fee_full_validation.pdf.gz | 457.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fee_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fee_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/1fee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7412.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PMAGDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00244 #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose | #3: 化合物 | ChemComp-CU1 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Strictly anaerobic. MES buffer, lithium sulfate, and dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.37 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.37 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 428425 / Num. obs: 21017 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 3.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 428425 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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