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- PDB-1fe8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR A3 DOMAIN IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fe8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR A3 DOMAIN IN COMPLEX WITH A FAB FRAGMENT OF IGG RU5 THAT INHIBITS COLLAGEN BINDING
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN IGG ...) x 2
  • VON WILLEBRAND FACTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / Collagen binding / conformational changes / epitope / von Willebrand factor A-type domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / immunoglobulin receptor binding / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / : / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / von Willebrand factor type C domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / : / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Ig gamma-2A chain C region, A allele / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Bouma, B. / Huizinga, E.G. / Schiphorst, M.E. / Sixma, J.J. / Kroon, J. / Gros, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Identification of the collagen-binding site of the von Willebrand factor A3-domain.
著者: Romijn, R.A. / Bouma, B. / Wuyster, W. / Gros, P. / Kroon, J. / Sixma, J.J. / Huizinga, E.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the A3 domain of human von Willebrand factor: implications for collagen binding
著者: Huizinga, E.G. / van der Plas, R.M. / Kroon, J. / Sixma, J.J. / Gros, P.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Binding of von Willebrand Factor to collagen type III: role of specific amino acids in the collagen binding domain and effects of neighbouring domains
著者: van der Plas, R.M. / Gomes, L. / Marquart, J.A. / Vink, T. / Meijers, J.C.M. / de Groot, P.G. / Sixma, J.J. / Huizinga, E.G.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: The von Willebrand Factor A3 domain does not contain a metal ion-dependent adhesion site motif
著者: Bienkowska, J. / Cruz, M. / Atiemo, A. / Handin, R. / Liddington, R.
履歴
登録2000年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VON WILLEBRAND FACTOR
H: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
L: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
B: VON WILLEBRAND FACTOR
I: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
M: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
C: VON WILLEBRAND FACTOR
J: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
N: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,59415
ポリマ－199,9139
非ポリマー1,6816
水15,817878
1
A: VON WILLEBRAND FACTOR
H: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
L: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3636
ポリマ－66,6383
非ポリマー7263
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
2
B: VON WILLEBRAND FACTOR
I: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
M: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2265
ポリマ－66,6383
非ポリマー5892
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
3
C: VON WILLEBRAND FACTOR
J: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
N: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0054
ポリマ－66,6383
非ポリマー3671
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
4
A: VON WILLEBRAND FACTOR
H: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
L: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
B: VON WILLEBRAND FACTOR
I: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
M: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
C: VON WILLEBRAND FACTOR
J: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
N: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子

A: VON WILLEBRAND FACTOR
H: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
L: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
B: VON WILLEBRAND FACTOR
I: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
M: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
C: VON WILLEBRAND FACTOR
J: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
N: IMMUNOGLOBULIN IGG RU5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,18930
ポリマ－399,82618
非ポリマー3,36312
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area53030 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area137100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.8, 183.6, 131.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 116.2, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 VON WILLEBRAND FACTOR


分子量: 21025.176 Da / 分子数: 3 / 断片: COLLAGEN BINDING DOMAIN A3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275

-
抗体 , 2種, 6分子 HIJLMN

#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG RU5


分子量: 22420.012 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: 抗体 IMMUNOGLOBULIN IGG RU5


分子量: 23192.434 Da / 分子数: 3 / 断片: FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 2種, 5分子

#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 879分子

#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: iso-propanol, MPD, cacodylate, sodium chloride, Tris , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
213 %(v/v)isopropanol1reservoirprecipitant
322 %(v/v)MPD1reservoirprecipitant
4100 mMcacodylic acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8469
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8469 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→29.9 Å / Num. all: 143255 / Num. obs: 143245 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): -3.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Num. unique all: 8424 / % possible all: 51.5
反射
*PLUS
Num. obs: 143255
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2.03→29.9 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used maximum likelihood refinement against structure factors
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 7206 -RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.229 143245 --
obs0.229 143245 85.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13889 0 105 878 14872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.77
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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