ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345 | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 |
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精密化 | 解像度: 2.45→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 151511.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.271 | 356 | 7.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.201 | - | - | - |
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all | 0.217 | 4629 | - | - |
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obs | 0.201 | 4535 | 93.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.46 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 3.59 Å2 | 3.59 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 3.59 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.42 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→9.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 897 | 0 | 1 | 77 | 975 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.84 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.74 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.74 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.06 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.52 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.366 | 45 | 8 % |
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Rwork | 0.327 | 521 | - |
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obs | - | - | 70.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.84 | | | | | |
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