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- PDB-1fdq: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN BRAIN FATTY ACID BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN BRAIN FATTY ACID BINDING PROTEIN
要素FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / OMEGA-3 / N-3 / LONG CHAIN POLY UNSATURATED FATTY ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / fatty acid binding / epithelial cell proliferation / nervous system development / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID / Fatty acid-binding protein, brain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Balendiran, G.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure and thermodynamic analysis of human brain fatty acid-binding protein.
著者: Balendiran, G.K. / Schnutgen, F. / Scapin, G. / Borchers, T. / Xhong, N. / Lim, K. / Godbout, R. / Spener, F. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN
B: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2104
ポリマ－29,5532
非ポリマー6572
水1,72996
1
A: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1052
ポリマ－14,7771
非ポリマー3281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1052
ポリマ－14,7771
非ポリマー3281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.22, 87.930, 46.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID-BINDING PROTEIN, BRAIN / BRAIN LIPID BINDING PROTEIN


分子量: 14776.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15540
#2: 化合物 ChemComp-HXA / DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID / ドコサヘキサエン酸


分子量: 328.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 8.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
30.1 MTris1reservoir
450 mM1reservoirNaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21863 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.063
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 102823 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 --
Rwork0.18 --
all0.18 --
obs-21863 84.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 48 96 2218
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor all: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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