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- PDB-1fdj: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM RABBIT LIVER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fdj
タイトルFRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM RABBIT LIVER
要素FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / ALDOLASE / LYASE (ALDEHYDE) / SCHIFF BASE (シッフ塩基) / GLYCOLYSIS (解糖系)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / 微小管形成中心 / glycolytic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / Fructose-bisphosphate aldolase B
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Blom, N.S. / White, A. / Sygusch, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Reaction intermediates of Rabbit liver D-fructose 1,6-bisphosphate Aldolase
著者: Blom, N.S. / White, A. / Sygusch, J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Product binding and role of the C-terminal region in Class-I D-fructose 1,6 bisphosphate Aldolase
著者: Blom, N.S. / Sygusch, J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Enhanced electron density envelopes by extended solvent definition
著者: Blom, N.S. / Sygusch, J.
履歴
登録2000年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
C: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
D: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,95215
ポリマ－158,0364
非ポリマー1,91711
水62,6383477
1
A: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,46516
ポリマ－158,0364
非ポリマー2,42912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
C: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
D: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

C: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
D: FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,44014
ポリマ－158,0364
非ポリマー1,40510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)377.250, 130.540, 80.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-5149-

HOH

21A-5183-

HOH

31A-5202-

HOH

41A-5215-

HOH

51A-5238-

HOH

61A-5266-

HOH

71A-5292-

HOH

81A-5312-

HOH

91A-5763-

HOH

101B-6149-

HOH

111B-6506-

HOH

121C-7209-

HOH

131C-7228-

HOH

141C-7605-

HOH

151C-7799-

HOH

161D-8017-

HOH

171D-8083-

HOH

181D-8275-

HOH

191D-8436-

HOH

201D-8447-

HOH

211D-8469-

HOH

221D-8471-

HOH

詳細2 half tetramers: one half tetramers is formed by chains A and B, the other half tetramer is formed by chains C and D

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質
FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE


分子量: 39508.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: LIVER肝臓 / 参照: UniProt: P79226, fructose-bisphosphate aldolase
#3: 糖 ChemComp-2FP / 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2

-
非ポリマー , 4種, 3486分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸 / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#5: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸 / グリセロール3-リン酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 45% saturated ammonium sulphate solution, 100mM Tris.HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→12 Å / Num. all: 100603 / Num. obs: 85613 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.13→2.25 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Num. unique all: 100603 / % possible all: 68.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→12 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: XPLOR parhcsdx
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 6930 -
Rwork0.171 --
all0.193 85613 -
obs0.174 78105 8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11502 0 110 3477 15089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral23.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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