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万見
- PDB-1fcw: TRNA POSITIONS DURING THE ELONGATION CYCLE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fcw
タイトルTRNA POSITIONS DURING THE ELONGATION CYCLE
要素TRNAPHE
キーワードRIBOSOME / tRNA binding sites / protein synthesis / elongation cycle
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17 Å
データ登録者Agrawal, R.K. / Spahn, C.M.T. / Penczek, P. / Grassucci, R.A. / Nierhaus, K.H. / Frank, J.
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2000
タイトル: Visualization of tRNA movements on the Escherichia coli 70S ribosome during the elongation cycle.
著者: R K Agrawal / C M Spahn / P Penczek / R A Grassucci / K H Nierhaus / J Frank /
要旨: Three-dimensional cryomaps have been reconstructed for tRNA-ribosome complexes in pre- and posttranslocational states at 17-A resolution. The positions of tRNAs in the A and P sites in the ...Three-dimensional cryomaps have been reconstructed for tRNA-ribosome complexes in pre- and posttranslocational states at 17-A resolution. The positions of tRNAs in the A and P sites in the pretranslocational complexes and in the P and E sites in the posttranslocational complexes have been determined. Of these, the P-site tRNA position is the same as seen earlier in the initiation-like fMet-tRNA(f)(Met)-ribosome complex, where it was visualized with high accuracy. Now, the positions of the A- and E-site tRNAs are determined with similar accuracy. The positions of the CCA end of the tRNAs at the A site are different before and after peptide bond formation. The relative positions of anticodons of P- and E-site tRNAs in the posttranslocational state are such that a codon-anticodon interaction at the E site appears feasible.
履歴
登録2000年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNAPHE
B: TRNAPHE
C: TRNAPHE
D: TRNAPHE
E: TRNAPHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4515
ポリマ－124,4515
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖
TRNAPHE


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: tRNA-Ribosome complex / タイプ: COMPLEX / 由来: MULTIPLE SOURCES
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: electron microscopy

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS EM420
電子銃電子線源: OTHER / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 52200 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
画像スキャンScanner model: PERKIN ELMER

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 17 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 15610 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: DETAILS--TRNA COORDINATES (TRNA09) WERE FIT INTO CRYO-EM MAP AS RIGID BODIES THE RELATIVE POSITIONS OF THE TRNA IS DERIVED BY FITTING THE X-RAY STRUCTURE OF TRNA (TRNA09) INTO THE THREE- ...詳細: DETAILS--TRNA COORDINATES (TRNA09) WERE FIT INTO CRYO-EM MAP AS RIGID BODIES THE RELATIVE POSITIONS OF THE TRNA IS DERIVED BY FITTING THE X-RAY STRUCTURE OF TRNA (TRNA09) INTO THE THREE-DIMENSIONAL CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MAPS OF FUNCTIONAL COMPLEXES OF THE E. COLI 70S RIBOSOMES. IT SHOULD BE NOTED THAT ALL TRNA-BINDING POSITIONS ARE NOT OCCUPIED SIMULTANEOSLY. THEREFORE, THERE ARE OVERLAPS BETWEEN THE TWO TRNA COORDINATES. IN ORDER TO SEE THE RELATIVE POSITIONS OF VARIOUS RIBOSOMAL DOMAINS, CHAIN C (THE P-SITE TRNA) SHOULD BE ALIGNED WITH OUR EARLIER DEPOSITED P-SITE POSITION (ID CODE 1EGO).
精密化最高解像度: 17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 8260 0 0 8260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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