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- PDB-1fc1: CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF A HUMAN FC FRAGM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fc1
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AND ATOMIC MODELS OF A HUMAN FC FRAGMENT AND ITS COMPLEX WITH FRAGMENT B OF PROTEIN A FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS AT 2.9-AND 2.8-ANGSTROMS RESOLUTION
要素FC FRAGMENT
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...Fc-gamma receptor I complex binding / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1981
タイトル: Crystallographic refinement and atomic models of a human Fc fragment and its complex with fragment B of protein A from Staphylococcus aureus at 2.9- and 2.8-A resolution.
著者: Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Crystallographic Structural Studies of a Human Fc Fragment. II. A Complete Model Based on a Fourier Map at 3.5 Angstroms Resolution
著者: Deisenhofer, J. / Colman, P.M. / Epp, O. / Huber, R.
#2: ジャーナル: Hoppe-Seyler's Z.Physiol.Chem. / 年: 1976
タイトル: Crystallographic Structural Studies of a Human Fc-Fragment. I. An Electron-Density Map at 4 Angstroms Resolution and a Partial Model
著者: Deisenhofer, J. / Colman, P.M. / Huber, R. / Haupt, H. / Schwick, G.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1974
タイトル: X-Ray Studies on Antibody Fragments
著者: Colman, P.M. / Epp, O. / Fehlhammer, H. / Bode, W. / Schiffer, M. / Lattman, E.E. / Jones, T.A.
履歴
登録1981年5月21日処理サイト: BNL
改定 1.01981年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FC FRAGMENT
B: FC FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7244
ポリマ－50,4732
非ポリマー3,2512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint57 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.400, 146.400, 50.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: THESE ATOMS WERE NOT FOUND IN THE ELECTRON DENSITY MAP. THEIR COORDINATES WERE GENERATED USING STEREOCHEMICAL CRITERIA
2: RESIDUE 374 OF EACH CHAIN IS A CIS-PROLINE.
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE FC FRAGMENT WHICH CONSISTS OF TWO CHEMICALLY IDENTICAL POLYPEPTIDE CHAINS EACH WITH ATTACHED POLYSACCHARIDE. THESE TWO CHAINS ARE DESIGNATED CHAIN 1 AND CHAIN 2 BY THE DEPOSITOR AND REPRESENTED WITH CHAIN IDENTIFIERS A AND B BELOW. THE CH2 AND CH3 DOMAINS OF THE TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT POLYPEPTIDE CHAINS ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPHIC (APPROXIMATE) DIADS (SEE JRNL REFERENCE ABOVE FOR A COMPLETE DISCUSSION). THE FOLLOWING TRANSFORMATION, WHEN APPLIED TO THE CH2 DOMAIN OF CHAIN A (RESIDUES PRO A 238 THROUGH GLY A 341 TOGETHER WITH THE POLYSACCHARIDE), WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE CH2 DOMAIN OF CHAIN B (RESIDUES PRO B 238 THROUGH GLY B 341 TOGETHER WITH THE POLYSACCHARIDE). TRNSF1 1 -0.99391 -0.03853 -0.10322 92.070 TRNSF2 1 -0.06679 0.95579 0.28635 -0.310 TRNSF3 1 0.08759 0.29136 -0.95207 11.160 THE FOLLOWING TRANSFORMATION, WHEN APPLIED TO THE CH3 DOMAIN OF CHAIN A (RESIDUES GLN A 342 THROUGH LEU A 443), WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE CH3 DOMAIN OF CHAIN B (RESIDUES GLN B 342 THROUGH LEU B 443). TRNSF1 2 -0.99907 -0.03950 -0.01721 88.510 TRNSF2 2 -0.04232 0.97468 0.21956 -1.010 TRNSF3 2 0.00810 0.22008 -0.97544 24.570

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要素

#1: タンパク質 FC FRAGMENT


分子量: 25236.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: SERUM / 参照: UniProt: P01857
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-1-2-1-3-4/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-D-6-deoxy-Altp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 220 0 3532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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