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万見
- PDB-1fbm: ASSEMBLY DOMAIN OF CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fbm
タイトルASSEMBLY DOMAIN OF CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN IN COMPLEX WITH ALL-TRANS RETINOL
要素PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
キーワードCELL ADHESION / EXTRACELLULAR MATRIX PROTEIN / ASSEMBLY DOMAIN / CARTILAGE / OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN / GLYCOPROTEIN / RETINOL-COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tendon development / negative regulation of hemostasis / cartilage homeostasis / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / vascular associated smooth muscle contraction / chondrocyte development / bone growth / vascular associated smooth muscle cell development / musculoskeletal movement ...tendon development / negative regulation of hemostasis / cartilage homeostasis / Integrin cell surface interactions / ECM proteoglycans / vascular associated smooth muscle contraction / chondrocyte development / bone growth / vascular associated smooth muscle cell development / musculoskeletal movement / BMP binding / chondrocyte proliferation / growth plate cartilage development / endochondral bone growth / positive regulation of chondrocyte proliferation / vitamin D binding / regulation of bone mineralization / muscle cell development / heparan sulfate proteoglycan binding / bone morphogenesis / cartilage development / collagen fibril organization / proteoglycan binding / limb development / artery morphogenesis / extracellular matrix structural constituent / neuromuscular process / skin development / bone mineralization / fibronectin binding / protein secretion / response to unfolded protein / BMP signaling pathway / collagen binding / extracellular matrix / ossification / skeletal system development / protein homooligomerization / protein processing / platelet aggregation / multicellular organism growth / integrin binding / blood coagulation / cellular senescence / heparin binding / : / regulation of gene expression / protease binding / apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Thrombospondin/cartilage oligomeric matrix protein, coiled-coil domain / Thrombospondin-5, coiled coil region / : / Cartilage oligomeric matrix protein / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Thrombospondin/cartilage oligomeric matrix protein, coiled-coil domain / Thrombospondin-5, coiled coil region / : / Cartilage oligomeric matrix protein / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOL / Cartilage oligomeric matrix protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Guo, Y. / Bozic, D. / Malashkevich, V.N. / Kammerer, R.A. / Schulthess, T.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: All-trans retinol, vitamin D and other hydrophobic compounds bind in the axial pore of the five-stranded coiled-coil domain of cartilage oligomeric matrix protein.
著者: Guo, Y. / Bozic, D. / Malashkevich, V.N. / Kammerer, R.A. / Schulthess, T.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Study of the Pentamerizing Domain from Cartilage Oligomeric Matrix Protein: a Five-stranded Alpha-helical Bundle.
著者: Efimov, V.P. / Engel, J. / Malashkevich, V.N.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: The Crystal Structure of a Five-stranded Coiled Coil in COMP: a Prototype Ion Channel?
著者: Malashkevich, V.N. / Kammerer, R.A. / Efimov, V.P. / Schulthess, T. / Engel, J.
履歴
登録2000年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.52018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
B: PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
C: PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
D: PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
E: PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7826
ポリマ－26,4965
非ポリマー2861
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12230 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.470, 49.470, 54.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
PROTEIN (CARTILAGE OLIGOMERIC MATRIX PROTEIN) / COMP


分子量: 5299.129 Da / 分子数: 5 / 断片: ASSEMBLY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PENTAMERIC COILED-COIL / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: CARTILAGE / プラスミド: PET-3B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P35444
#2: 化合物 ChemComp-RTL / RETINOL


分子量: 286.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: COMPcc (16 mg/ml) in 20 mM sodium phosphate, 200 mM NaCl (pH 7.5) precipitant: 7-8% PEG 8000, 50 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 50 mM sodium acetate, 50 mM calcium acetate , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: COMPcc (16 mg/ml) in 20 mM sodium phosphate, 200 mM NaCl (pH 7.5) precipitant: 7-8% PEG 8000, 50 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 50 mM sodium acetate, 50 mM calcium acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
27-8 %PEG80001reservoir
350 mMsodium cacodylate1reservoir
450 mMsodium acetate1reservoir
550 mMcalcium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→3 Å / Num. all: 5464 / Num. obs: 5464 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル解像度: 2.7→3 Å / Num. unique all: 5464 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 20313
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→3 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.195 --
all0.195 5464 -
Rfree-0 -
obs-5464 87.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 21 152 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.68
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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