ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | MLPHARE | | 位相決定 | CNS | 0.9 | 精密化 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 708822.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.272 | 740 | 14.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.223 | - | - | - |
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obs | 0.223 | 4973 | 93.9 % | - |
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all | - | 4973 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.75 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.21 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.21 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.42 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.38 Å | 0.3 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.32 Å | 0.27 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 879 | 0 | 10 | 28 | 917 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.24 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.68 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it2.28 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it3.44 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it5.01 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.321 | 102 | 14.2 % |
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Rwork | 0.271 | 615 | - |
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obs | - | - | 84 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | | | X-RAY DIFFRACTION | 5 | | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 14.9 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 43.7 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.68 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.321 / % reflection Rfree: 14.2 % / Rfactor Rwork: 0.271 |
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